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adf:potential2020

分子的静电势空间分布图、RDG函数

任何一个单点计算,均能自动得到等静电势面、RDG函数。例如:

我们以水分子为例,用三种方式来演示静电势面。以下操作均在View窗口。并且都设置了图像的透明度为50%。设置方法参考:如何设置View中各种空间分布图的透明度

AMSView中,静电势的单位是原子单位:1 a.u. = 2.721138505(60)x 101 V

以下操作均在View窗口。并且都设置了图像的透明度为50%。设置方法参考:如何设置View中各种空间分布图的透明度

以下以静电势为例,RDG可以类似查看,在Select Field中,选择Properties - RDG SCF即可。

静电势的等值面

静电势的等值面,顾名思义,整个曲面上的静电势的值是相等的。也就是我们设置的数值。点击Add > Isosurface。将最前面的框勾选,表示显示该函数。Select Field选择Potential > Coulomb Potential SCF。输入数值,例如-0.03,即看到静电势为-0.03的等值面。如下图:

注意:

  • 因为只有一个值,所以不需要多种颜色来标记静电势的值
  • 图中一对像“翅膀”一样的图样,表示孤对电子,可以在Show details里面去掉Ellipsoid即可去掉。

静电势等高线

点击Add > Cutplane: contours,Select Field选择Potential > Coulomb Potential SCF。

  • 可以选中三个原子(两个也可以),并点击“with atoms”,从而使得等高线是在三个原子确定的一个平面上
  • 可以勾选“Position plan”拖动、转动随之产生的方框来移动等高线的位置和方向
  • 设置关心的库伦势的范围,例如本例中,希望显示库伦势为-0.67到0.67范围(起始值不一样,可以看到等高线分布的区域也不一样,这样可以观察范围来调整关心的等高线数值范围)的等高线,等高线的条数,这里设置为15条
  • 勾选bar,将颜色与数值对照起来
  • 图中一对像“翅膀”一样的图样,表示孤对电子,可以在Show details里面去掉Ellipsoid即可去掉。

如下图所示:

如果静电势的范围设置的更大一些,例如-1.0到0.1,那么离原子核比较近的区域,就没有等高线存在了,因为那些区域静电势都很低,离原子核越近越低。

注意:因为静电势变化很剧烈,因此默认将静电势求了log之后显示的。用户可以自行对比不勾选窗口底部的log,看看显示效果的差异。

等电子密度面上显示静电势的分布

这是为了显示在电子密度等值面上,通过颜色来标记在该等值面上,静电势的分布情况。

  • 第一个Select Field选择Density > Density SCF,后面的数值是电子密度等值面的数值,例如当前的曲面是电子密度为0.03的等值面
  • 第二个Select Field选择potential > Coulomb Potential SCF,表示在电子密度为0.03的曲面上显示该曲面的静电势
  • 勾选最后面的bar,显示颜色条
  • 这里不需要设置静电势的范围,因为曲面已经选定好了,静电势的范围就是确定的了

如下图所示:

当然,事实上第一个等值面也可以是其他函数的等值面。

adf/potential2020.txt · 最后更改: 2024/06/07 16:26 由 liu.jun

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