atk:缺陷碳纳米管的杨氏模量

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--- atk:缺陷碳纳米管的杨氏模量 [2016/09/24 15:15] – [计算杨氏模量] nie.han
+++ atk:缺陷碳纳米管的杨氏模量 [2016/09/24 15:25] – [参考文献] nie.han
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 现在可以执行脚本。你可以下载以下脚本来确保你做了正确的编辑：
-mdtrajectory_cnt.py
+{{ :atk:mdtrajectory_cnt.rar |mdtrajectory_cnt.py}}
 点击{{:atk:sendto.png?25|}} 按钮将脚本送到Job Manager{{:atk:job_manager.png?25|}}，保存并运行。这个任务将会在笔记本电脑上花费3分钟左右。
 ===== 可视化和结果分析 =====
+在MD模拟运行中的纳米管长度和应力以不同的ID (“C length”, “C stress”, 和“C stresses factored”)被保存在 .nc文件中。这些将被用于产生名为mdtrajectory_cnt_fig.png的图，这个图将会被自动保存在项目文件夹里。它显示了纳米管的应力应变关系，如下所示。对小应变的线性（弹性）行为使得纳米管杨氏模量（定义为E = stress/strain）的计算成为可能。
+通过这个程序，具有一个Stone–Wales缺陷的碳纳米管的杨氏模量计算值大约为2.3TPa（对不同的MD模拟会有变化）。这与无缺陷纳米管杨氏模量计算值1.28TPa[SPAS+99]差得很远。然而，正如[KDE+98]所示，有缺陷的纳米管总的来说具有很高的杨氏模量。
+{{ :atk:mdtrajectory_cnt_fig.png?400 |}}
+<WRAP center round info 100%>
+**注意！**
+上图显示对于小的应变，应力是负值，这意味着直到1.1%的应变之前纳米管实际上受压应力。
+在MD模拟之前运行几何优化（geometry optimization）可以避免这个问题，可以通过Script Generator中的Optimization模块来完成。然而，对于本实例研究的应变，CNT显示了一个线性的应力-应变行为，所以先运行几何优化所得到的杨氏模量不会有显著的改变。
+</WRAP>
+数据文件mdtrajectory_cnt.nc 会在LabFloor中显示。选中这个文件并点击右手边插件面板上的Movie Tool。Movie Tool可以被用来查看MD轨迹；它将显示一个模拟动画和能量以及温度的数据。如下图所示。
+{{ :atk:movie_tool.gif?800 |}}
+<WRAP center round info 100%>
+**提示！**
+在动画上右击鼠标点击Show bonds可以将碳原子之间的成键可视化。
+</WRAP>
+另一个有用的插件为**MD Analyzer**，它可以显示系统中原子的径向分布，速度分布和动能分布。速度分布的一个屏幕截图如下所示。
+{{ :atk:md_analyzer.png?500 |}}
 ===== 参考文献 =====
+[KDE+98]	(1, 2) A. Krishnan, E. Dujardin, T. W. Ebbesen, P. N. Yianilos, and M. M. J. Treacy. Young’s modulus of single-walled nanotubes. Phys. Rev. B, 58:14013–14019, Nov 1998. doi:10.1103/PhysRevB.58.14013.
+[SPAS+99]	Daniel Sánchez-Portal, Emilio Artacho, José M. Soler, Angel Rubio, and Pablo Ordejón. Ab initio structural, elastic, and vibrational properties of carbon nanotubes. Phys. Rev. B, 59:12678–12688, May 1999. doi:10.1103/PhysRevB.59.12678.
+本文翻译：王吉章

atk/缺陷碳纳米管的杨氏模量.txt · 最后更改: 2018/03/20 22:17 由 liu.jun

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