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两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版后一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
atk:用dftb-neb研究氨分子翻转反应势垒 [2018/06/28 23:34] – [分析 NEB 模拟] xie.congwei | atk:用dftb-neb研究氨分子翻转反应势垒 [2018/06/28 23:37] – [一种快速计算的方法] xie.congwei | ||
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行 110: | 行 110: | ||
===== 一种快速计算的方法 ===== | ===== 一种快速计算的方法 ===== | ||
+ | 在上面的计算中,您采用在端点之间线性插值来设置 NEB 路径的初始猜测。然而,在很多情况下,线性路径与优化路径相差甚远。将上述收敛结果的动画与您设置的初始 NEB 路径进行比较,可以看出,当氮原子通过分子中心时,氢原子需要向外移动为氮原子让出空间,然后再移动回来。 | ||
+ | |||
+ | 如果这种行为能以某种方式成为初始路径的一部分,则可以节省离子动力学中的一些步骤,从而节省计算时间。然而,由于氢原子的初始位置和最终位置是相同的,所以不能通过线性插值捕获。 | ||
+ | |||
+ | 但是,还有其他方法可以生成初始路径,有些可以在 **ATK** 中实现。 | ||
+ | |||
+ | * 返回到 {{: | ||
+ | * 保持图像距离,但是更改 **Method** 为 **Image Dependent Pair Potential**,创建 NEB。 | ||
+ | * 如果您现在检查初始路径会发现,它已经包含了氢原子的行为。这是采用 IDPP 方法做 NEB 运算的其中一个优势。 | ||
+ | * 按照如上的相同步骤通过 {{: | ||
+ | |||
+ | <WRAP center important 100%> | ||
+ | === 注意 === | ||
+ | IDPP 方法与 Halgren-Lipscomb 方法相似,也可以在 **ATK** 中实现(但不太适合本例的体系)。 | ||
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===== 参考 ===== | ===== 参考 ===== | ||