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两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
atk:创建分子结 [2018/05/23 16:10] – [将金切割成两个表面] xie.congwei | atk:创建分子结 [2018/05/23 16:12] – [将中心区域转化为器件构形] xie.congwei | ||
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===== 将分子和表面结合 ===== | ===== 将分子和表面结合 ===== | ||
- | * **第十六步:**从 stash 拖拽苯到主窗口(显示金表面所在的位置),将其添加到金的结构上。添加分子时,Builder 会自动激活为 **Move mode**。 | + | * **步骤 16:**从 stash 拖拽苯到主窗口(显示金表面所在的位置),将其添加到金的结构上。添加分子时,Builder 会自动激活为 **Move mode**。 |
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- | * **第十七步:**点击一个硫原子——它将成为一个锚原子。然后拖动它,使其最终落于左边表面上的硫定位原子的上方。由于 “Snap” 是开启的状态,它将锁定到定位原子的精确位置,当两个原子位置重合时,选中标记会变成蓝色。 | + | * **步骤 17:**点击一个硫原子——它将成为一个锚原子。然后拖动它,使其最终落于左边表面上的硫定位原子的上方。由于 “Snap” 是开启的状态,它将锁定到定位原子的精确位置,当两个原子位置重合时,选中标记会变成蓝色。 |
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- | * **第十八步:**按下 Fuse ——这会消除两个重叠的硫原子中的一个(在表面的那个原子将被移除;融合时,被选中激活的原子始终被保留)。 | + | * **步骤 18:**按下 Fuse ——这会消除两个重叠的硫原子中的一个(在表面的那个原子将被移除;融合时,被选中激活的原子始终被保留)。 |
- | * **第十九步:**现在,点击另一个 S 原子(第一个将会被保持着选中状态)。然后在 Move tool 的程序窗口的 **r1-r0** 输入 [0, 0, 1]。这将使这两个原子——即 Z 轴上的分子对齐。关闭 Move tool 的程序窗口。 | + | * **步骤 19:**现在,点击另一个 S 原子(第一个将会被保持着选中状态)。然后在 Move tool 的程序窗口的 **r1-r0** 输入 [0, 0, 1]。这将使这两个原子——即 Z 轴上的分子对齐。关闭 Move tool 的程序窗口。 |
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- | * **第二十步:**通过按住 Ctrl 键的同时双击其中的表面上的一个原子以选中它。这将选择所有连接的原子。 | + | * **步骤 20:**通过按住 Ctrl 键的同时双击其中的表面上的一个原子以选中它。这将选择所有连接的原子。 |
- | * **第二十一步:**再次进入 **Move mode** {{: | + | * **步骤 21:**再次进入 **Move mode** {{: |
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- | * **第二十二步:**拖动右表面使锚原子/ | + | * **步骤 22:**拖动右表面使锚原子/ |
- | * **第二十三步:**按下 **Fuse** 清除掉重叠两个硫原子的其中一个(这次消除的事分子上的那个原子)。关闭 Move tool 的程序窗口。 | + | * **步骤 23:**按下 **Fuse** 清除掉重叠两个硫原子的其中一个(这次消除的事分子上的那个原子)。关闭 Move tool 的程序窗口。 |
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行 119: | 行 119: | ||
- | * **第二十四步:**打开 Devices Tools {{: | + | * **步骤 24:**打开 Devices Tools {{: |
- | * **第二十五步:**然而,这是一个非常大的中心区域,需要很长时间的计算。因此,通过对每个表面(左侧和右侧)点击 2 次 {{: | + | * **步骤 25:**然而,这是一个非常大的中心区域,需要很长时间的计算。因此,通过对每个表面(左侧和右侧)点击 2 次 {{: |
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