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atk:创建分子结 [2018/05/21 16:50] – [将分子和表面结合] xie.congwei | atk:创建分子结 [2018/06/15 10:17] (当前版本) – [创建分子结] fermi | ||
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+ | === 提示 === | ||
+ | **本教程使用特定版本的QuantumATK创建,因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别,请在学习时务必注意。** | ||
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===== 从苯到 DTB:构建分子 ===== | ===== 从苯到 DTB:构建分子 ===== | ||
- | * **第一步:**点击 Add {{: | + | * **步骤 1:**点击 Add {{: |
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- | * **第二步:**将分子转化为 DTB,按下 Ctrl 键,点击选中苯分子上 2 个位于相反方向上的氢原子。然后打开元素周期表 {{: | + | * **步骤 2:**将分子转化为 DTB,按下 Ctrl 键,点击选中苯分子上 2 个位于相反方向上的氢原子。然后打开元素周期表 {{: |
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- | * **第三步:**按下 Esc 键或点击背景的任何一处以取消选中所有的原子。 | + | * **步骤 3:**按下 Esc 键或点击背景的任何一处以取消选中所有的原子。 |
- | * **第四步:**需要调整 C-S 的键长。选择一对键合的 C-S 原子,注意要**先选碳原子**。打开Open Coordinate Tools {{: | + | * **步骤 4:**需要调整 C-S 的键长。选择一对键合的 C-S 原子,注意要**先选碳原子**。打开 Open Coordinate Tools {{: |
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- | * **第五步:**对其他的 C-S 执行同样的操作! | + | * **步骤 5:**对其他的 C-S 执行同样的操作! |
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- | * **第六步:**点击 Add {{: | + | * **步骤 6:**点击 Add {{: |
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- | * **第七步:**打开 Builders {{: | + | * **步骤 7:**打开 Builders {{: |
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- | * **第八步:**为了便于在 fcc 堆垛层中直观地识别出三层(ABC),将 A 层中的金原子改为 Ag,C 层中的金原子改为 T1 (选这些元素只是为了呈现协调的颜色)。 | + | * **步骤 8:**为了便于在 fcc 堆垛层中直观地识别出三层(ABC),将 A 层中的金原子改为 Ag,C 层中的金原子改为 T1 (选这些元素只是为了呈现协调的颜色)。 |
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- | * **第九步:**为了使苯分子成为具有足够大表面的晶胞,点击 Bulk Tools {{: | + | * **步骤 9:**为了使苯分子成为具有足够大表面的晶胞,点击 Bulk Tools {{: |
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- | * **第十步:**您需要通过添加真空为分子表面留些空间。打开 Bulk Tools {{: | + | * **步骤 10:**您需要通过添加真空为分子表面留些空间。打开 Bulk Tools {{: |
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您现在将可以附着分子的表面上创建一个定位点。 | 您现在将可以附着分子的表面上创建一个定位点。 | ||
- | * **第十一步:**选择表面 C 层中一个三角形的三个原子(Tl 原子),使得三角形的中心位于 A 层中银原子之上。点击 centroid tool {{: | + | * **步骤 11:**选择表面 C 层中一个三角形的三个原子(Tl 原子),使得三角形的中心位于 A 层中银原子之上。点击 centroid tool {{: |
- | * **第十二步:**使用 Coordinate Tools {{: | + | * **步骤 12:**使用 Coordinate Tools {{: |
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- | * **第十三步:**按下 Ctrl+A,选中所有原子并将其转变为金。 | + | * **步骤 13:**按下 Ctrl+A,选中所有原子并将其转变为金。 |
- | * **第十四步:**另外,为了随后可以更简便地控制定位原子,将其转变为硫。 | + | * **步骤 14:**另外,为了随后可以更简便地控制定位原子,将其转变为硫。 |
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- | * **第十五步:**目前为止,仅有一个金表面——而实际上应该是两个。因此,我们要再次按下 Ctrl+A,打开 Coordinate Tools {{: | + | * **步骤 15:**目前为止,仅有一个金表面——而实际上应该是两个。因此,我们要再次按下 Ctrl+A,打开 Coordinate Tools {{: |
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===== 将分子和表面结合 ===== | ===== 将分子和表面结合 ===== | ||
- | * **第十六步:**从 stash 拖拽苯到主窗口(显示金表面所在的位置),将其添加到金的结构上。添加分子时,Builder 会自动激活为 **Move mode**。 | + | * **步骤 16:**从 stash 拖拽苯到主窗口(显示金表面所在的位置),将其添加到金的结构上。添加分子时,Builder 会自动激活为 **Move mode**。 |
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- | * **第十七步:**点击一个硫原子——它将成为一个锚原子。然后拖动它,使其最终落于左边表面上的硫定位原子的上方。由于“Snap”是开启的状态,它将锁定到定位原子的精确位置,当两个原子位置重合时,选中标记会变成蓝色。 | + | * **步骤 17:**点击一个硫原子——它将成为一个锚原子。然后拖动它,使其最终落于左边表面上的硫定位原子的上方。由于 “Snap” 是开启的状态,它将锁定到定位原子的精确位置,当两个原子位置重合时,选中标记会变成蓝色。 |
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- | * **第十八步:**按下 Fuse ——这会消除两个重叠的硫原子中的一个(在表面的那个原子将被移除;融合时,被选中激活的原子始终被保留)。 | + | * **步骤 18:**按下 Fuse ——这会消除两个重叠的硫原子中的一个(在表面的那个原子将被移除;融合时,被选中激活的原子始终被保留)。 |
- | * **第十九步:**现在,点击另一个 S 原子(第一个将会被保持着选中状态)。然后在 Move tool 的程序窗口的 **r1-r0** 输入 [0, 0, 1]。这将使这两个原子——即 Z 轴上的分子对齐。关闭 Move tool 的程序窗口。 | + | * **步骤 19:**现在,点击另一个 S 原子(第一个将会被保持着选中状态)。然后在 Move tool 的程序窗口的 **r1-r0** 输入 [0, 0, 1]。这将使这两个原子——即 Z 轴上的分子对齐。关闭 Move tool 的程序窗口。 |
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- | * **第二十步:**通过按住 Ctrl 键的同时双击其中的表面上的一个原子以选中它。这将选择所有连接的原子。 | + | * **步骤 20:**通过按住 Ctrl 键的同时双击其中的表面上的一个原子以选中它。这将选择所有连接的原子。 |
- | * **第二十一步:**再次进入 **Move mode** {{: | + | * **步骤 21:**再次进入 **Move mode** {{: |
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- | * **第二十二步:**拖动右表面使锚原子/ | + | * **步骤 22:**拖动右表面使锚原子/ |
- | * **第二十三步:**按下 **Fuse** 清除掉重叠两个硫原子的其中一个(这次消除的事分子上的那个原子)。关闭 Move tool 的程序窗口。 | + | * **步骤 23:**按下 **Fuse** 清除掉重叠两个硫原子的其中一个(这次消除的事分子上的那个原子)。关闭 Move tool 的程序窗口。 |
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- | * **第二十四步:**打开 Devices Tools {{: | + | * **步骤 24:**打开 Devices Tools {{: |
- | * **第二十五步:**然而,这是一个非常大的中心区域,需要很长时间的计算。因此,通过对每个表面(左侧和右侧)点击 2 次 {{: | + | * **步骤 25:**然而,这是一个非常大的中心区域,需要很长时间的计算。因此,通过对每个表面(左侧和右侧)点击 2 次 {{: |
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