这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
adf:viscosity [2022/02/16 23:55] – [ReaxFF分子动力学参数设置] liu.jun | adf:viscosity [2023/08/30 10:16] (当前版本) – [模型] liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 8: | 行 8: | ||
* // | * // | ||
* // | * // | ||
- | * //< | + | * //< |
- | 因为粘度的计算不涉及反应,因此除了使用ReaxFF外,也可以使用Force Field模块中其他力场(例如GAFF力场)进行分子动力学模拟。分子动力学的参数设置大同小异,只是Main面板的参数设置有所差别。 | + | 因为粘度的计算不涉及反应,因此除了使用ReaxFF外,也可以使用Force Field模块中其他力场(例如GAFF力场),甚至也可以使用第一性原理进行分子动力学模拟,从而类似地生成粘度信息。分子动力学的参数设置大同小异,只是Main面板的参数设置有所差别。 |
这里以苯为例,室温下苯的粘度实验值为0.5 mPa s。 | 这里以苯为例,室温下苯的粘度实验值为0.5 mPa s。 | ||
=====模型===== | =====模型===== | ||
- | AMSinput - Edit - Builder,设置晶格常数为26.666*26.666*26.666 Å< | + | AMSinput - Edit - Builder,设置晶格常数为26.666*26.666*26.666 Å< |
{{ : | {{ : | ||
- | 注意体系的大小,会严重影响粘度的计算数值,因此**体系规模应该大一些,这样粘度数值可靠性强一些**(统计振荡减弱)。 | + | 注意体系的大小,会严重影响粘度的计算数值,因此**体系规模应该大一些,这样粘度数值可靠性强一些**(统涨洛误差减弱)。 |
=====ReaxFF分子动力学参数设置===== | =====ReaxFF分子动力学参数设置===== | ||
基本的设置(周期性一定要确保为Bulk): | 基本的设置(周期性一定要确保为Bulk): | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 由于不关心化学反应,因此步长不需要太小,1fs就可以了,但是**运动轨迹对粘度非常重要,因此每个5fs就需要保存一次轨迹(甚至可以更小)**,关于动量、角动量守恒的限制也可以去掉(起始温度也可以不设置,因为后面Thermostat会设置温度): | + | 由于不关心化学反应,因此步长不需要太小,1fs就可以了,但是**运动轨迹对粘度非常重要,因此每隔5fs就需要保存一次轨迹(甚至可以更小)**,关于动量、角动量守恒的限制也可以去掉(起始温度也可以不设置,因为后面Thermostat会设置温度): |
{{ : | {{ : | ||
温度的设置: | 温度的设置: | ||
行 33: | 行 33: | ||
压力张量自相关函数的计算范围,必须是动力学模拟达到平衡之后的时间。所以如果体系事先经过弛豫,则除去前面少量帧数,后面大量帧数都可以使用,如果没有弛豫,**在势能**(SCM → Movie → MD Properties - Potential Energy,即可显示势能;Properties - Time显示时间,Graph - Curve on X Axes,则时间变为横轴)**达到稳定前的帧数是不能用的。** | 压力张量自相关函数的计算范围,必须是动力学模拟达到平衡之后的时间。所以如果体系事先经过弛豫,则除去前面少量帧数,后面大量帧数都可以使用,如果没有弛豫,**在势能**(SCM → Movie → MD Properties - Potential Energy,即可显示势能;Properties - Time显示时间,Graph - Curve on X Axes,则时间变为横轴)**达到稳定前的帧数是不能用的。** | ||
- | 从势能的结果来看,300帧的时候,就接近平衡状态了,因此我们可以从300帧开始生成自相关函数(总共12001帧,**模拟时间太短,帧数太少,会导致粘度数据不可靠**): | + | 从Movie中显示的势能的结果来看,300帧的时候,就接近平衡状态了,因此我们可以从300帧开始生成自相关函数(总共12001帧,**模拟时间太短,帧数太少,会导致粘度数据不可靠**): |
- | + | ||
- | {{ : | + | |
MD Properties - Autocorrelation Function... | MD Properties - Autocorrelation Function... | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
* Steps设置为300-12001 | * Steps设置为300-12001 | ||
* Property设置为Pressure Tensor | * Property设置为Pressure Tensor | ||
- | * Atoms: | + | * Atoms: |
- | * Vector elements设置为4 5 6,表示P< | + | * Vector elements设置为4 5 6,表示P< |
* Max ACF Step建议设置为3000帧,即大致为15 ps左右 | * Max ACF Step建议设置为3000帧,即大致为15 ps左右 | ||
行 59: | 行 59: | ||
与实验符合的极好。 | 与实验符合的极好。 | ||
+ | |||
+ | =====补充:QSPR预测粘度===== | ||
+ | AMS的COSMO-RS模块,也能预测液体粘度:[[adf: |