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两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版后一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:tssexample2020 [2021/12/23 15:24] – [过渡态搜索] liu.jun | adf:tssexample2020 [2023/04/02 19:43] – [过渡态搜索与活化能的计算] liu.jun | ||
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- | ====== 过渡态搜索 ====== | + | ====== 过渡态搜索、自由能、活化能的计算 |
本教程软件版本AMS2020.101,以F< | 本教程软件版本AMS2020.101,以F< | ||
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- | 上图中,按住Shift键,选中F、C原子,右下角出现两个原子之间的距离,之所以这个距离是因为我们估计过渡态键长大约1.4~1.6埃,所以扫描范围略比这个范围大,确保过渡态键长在扫描范围内即可。因此我们将从该距离,扫描到1.3埃。 | + | 上图中,按住Shift键,选中F、C原子,右下角出现两个原子之间的距离,之所以这个距离是因为我们估计过渡态键长大约1.4~1.6埃,所以扫描范围略比这个范围大,确保过渡态键长在扫描范围内即可。因此我们将从该距离,扫描到1.3埃。<color blue> |
PES Scan的计算原理,参考[[adf: | PES Scan的计算原理,参考[[adf: | ||
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下面的表格列出了振动的频率、强度,对于虚频(频率为负),点击该行,即可看到对应的振动模式动画。进而检查是否符合过渡态特征。如果最大、最强的这个虚频确实满足过渡态特征,我们就可以继续基于该分子结构真正开始搜索过渡态,也就是下一步。 | 下面的表格列出了振动的频率、强度,对于虚频(频率为负),点击该行,即可看到对应的振动模式动画。进而检查是否符合过渡态特征。如果最大、最强的这个虚频确实满足过渡态特征,我们就可以继续基于该分子结构真正开始搜索过渡态,也就是下一步。 | ||
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Gibbs自由能的计算,参考:[[adf: | Gibbs自由能的计算,参考:[[adf: | ||
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+ | =====活化能===== | ||
+ | 简而言之就是过渡态的**“能量”**-反应物的**“能量”**。 | ||
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+ | 如果活化能是应用于尔伦尼乌斯公司,用来计算反应速率,那么**“能量”**一般采用计算结束之后得到的Total Bonding energy(*.logfile尾部的“Bond Energy”、*.out文件中“Total Bonding Energy”),加上零点能(SCM → Output → Other Properties → Zero-Point Energy ,计算频率默认就可以得到该值)。 | ||
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+ | 如果考虑外部条件,则可以用Gibbs自由能的计算时,得到的焓(Enthalpy H)来相减。 | ||
=====总结===== | =====总结===== | ||
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- 即使初始的反应路径猜测的不是很准确,甚至是错误的,最后也能通过这个过程,得到正确的反应路径。 | - 即使初始的反应路径猜测的不是很准确,甚至是错误的,最后也能通过这个过程,得到正确的反应路径。 | ||
- | AMS软件提供**免费试用**(一般为一个月),试用申请方式参见**:[[adf: | + | AMS软件提供**免费试用**,试用申请方式参见**:[[adf: |