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adf:temperaturealongaxes [2022/03/05 21:36] – [结果查看] liu.jun | adf:temperaturealongaxes [2022/03/06 12:49] – [概述] liu.jun | ||
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- | ======ReaxFF-温度分布函数:计算沿着某个Cell轴向的温度分布函数====== | + | ======ReaxFF-温度分布函数:计算沿着Cell某个轴向的温度分布函数====== |
=====概述===== | =====概述===== | ||
我们以简单分子动力学模拟为例,单纯演示如何生成沿着A、B、C晶轴方向的温度分布情况。 | 我们以简单分子动力学模拟为例,单纯演示如何生成沿着A、B、C晶轴方向的温度分布情况。 | ||
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* 该字段的位置:是MolecularDynamics的子字段,如果保存轨迹的频率修改了这个字段就会自动出现在*.run文件 | * 该字段的位置:是MolecularDynamics的子字段,如果保存轨迹的频率修改了这个字段就会自动出现在*.run文件 | ||
- | * 40的含义:A、B、C三个方向均分为40个薄片,分别输出40片的温度。会得到三个温度分布函数,对应三个方向的温度分布。 | + | * 40的含义:A、B、C三个方向,分别被均分为40个切片,温度曲线是这40个切片的温度。会得到三个温度分布函数,对应三个方向的温度分布。 |
- | * 温度的平均:每个点的温度,是这个点对应的片内所有原子,从上一帧到当前帧的时间范围内的平均温度。因此点数不建议太多(以确保片内原子个数较多,具有统计平均的意义),保存轨迹的频率不宜高(默认100建议改为1000或2000甚至根据需要改到更大数值),否则都会导致温度曲线震荡会比较剧烈 | + | * 温度的平均:每个切片的温度,是这个切片内所有原子,从上一帧到当前帧的时间范围内的平均温度。因此切片数不建议太多(以确保片内原子个数较多,具有统计平均的意义),保存轨迹的频率不宜高(默认100建议改为1000或2000甚至根据需要改到更大数值),否则都会导致温度曲线震荡会比较剧烈,失去统计意义。 |
=====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
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+ | 由于温度曲线是从坐标原点开始生成数据,因此用户可以在模型创建完毕之后,Edit → Crystal → Map Atoms to [0..1],从而将坐标原点放置于Cell的顶点,这样数据与模型能够完全对应。 | ||
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可以看到MDhistory里面,有TempProfile_a(i)、TempProfile_b(i)、TempProfile_c(i),对应ABC三个晶轴方向,i=1~11,代表从初始结构到最后一帧。 | 可以看到MDhistory里面,有TempProfile_a(i)、TempProfile_b(i)、TempProfile_c(i),对应ABC三个晶轴方向,i=1~11,代表从初始结构到最后一帧。 | ||
- | 例如我们希望查看最后一帧B方向的温度分布曲线,将其左侧小三角点开,将产生的所有数据拷贝出去即可,即该方向的温度分布数值。如果需要做曲线,横坐标即晶格常数B分为40份,加上原点,则41个点。 | + | 例如我们希望查看最后一帧B方向的温度分布曲线,将其左侧小三角点开,将产生的所有数据拷贝出去即可,即该方向的温度分布数值。 |
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+ | 如果需要做曲线,横坐标即晶格常数B分为39份,加上原点,则40个点。晶格常数可以在AMSinput → Model → Lattice下方看到: | ||
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