这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版后一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:sinkofreaxmd [2019/09/11 20:07] – [Molecule Sink:反应过程中抽走指定产物] liu.jun | adf:sinkofreaxmd [2022/01/20 20:35] – [结果查看] liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 1: | 行 1: | ||
- | ======Molecule Sink:反应过程中抽走指定产物====== | + | ======ReaxFF-Molecule Sink:反应过程中清除指定产物====== |
- | + | ||
- | 本文以甲烷燃烧为例,燃烧过程中不断生成$CO_2$和$H_2O$,设定不断抽走产物中的水和二氧化碳。 | + | |
+ | 本文以甲烷燃烧为例,燃烧过程中不断生成CO< | ||
=====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
- | ADFinput > Edit > Builder创建$O_2$与$CH_4$的混合物: | + | 设置,参考:[[adf:simplemdofreaxams]]。不过这里我们不设置变温,而是设为恒温4300K,免得等不到生成CO< |
- | + | ||
- | {{ :adf:sink01.png? | + | |
- | + | ||
- | 选择力场: | + | |
- | + | ||
- | {{ : | + | |
- | + | ||
- | 点击Task:Molecular Dynamics后面的 > 按钮,设置分子动力学模拟详细参数:步数(此处设置为10万步)、步长(此处默认0.25fs)、sample frequency(每多少步保存一次轨迹): | + | |
- | + | ||
- | {{ : | + | |
- | + | ||
- | 点击Thermostat设置NVT类系综参数: | + | |
- | + | ||
- | {{ :adf:sink04.png? | + | |
- | 其中温度设置为4300K,如果需要设置温度的变化,可以通过点击➕实现。 | + | {{ : |
- | Model > Molecule Sink,设置抽走分子: | + | 增加参数设置:Model > Molecule Sink,设置抽走分子: |
{{ : | {{ : | ||
行 38: | 行 23: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 可以看到虽然我们已经模拟了56000步,但是体系中并没有$CO_2$,只有2个$H_2O$分子,但是从数量曲线来看,出现了$H_2O$之后,很快就消失了。而对照相同模拟条件,但没有设置Sink的模拟来看,在相同的模拟时长内,生成了大量$CO_2$和$H_2O$。 | + | 可以看到虽然我们已经模拟了40000步,但是体系中并没有CO< |
- | 因此这实际上表示,我们设置的Sink成功的实现了抽走特定产物的功能。 | + | 因此这实际上表示,我们设置的Molecule |