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adf:restrictopt2020 [2020/11/12 21:50] – 创建 liu.jun | adf:restrictopt2020 [2020/11/12 22:02] – liu.jun | ||
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- | ======如何进行限制性结构优化====== | + | ======限制性结构优化====== |
+ | 本文使用AMS2020.101完成。 | ||
目的:在结构优化的时候,固定某些键长、键角、二面角。 | 目的:在结构优化的时候,固定某些键长、键角、二面角。 | ||
- | 操作:基本设置与[[adf: | + | 操作:基本设置与[[adf: |
- | - 进入Model - Geometry constraints and LT; | + | {{ : |
- | - 依次选中原子。所谓依次: | + | |
- | - 如果需要固定两个原子之间的距离(键长),则选中两个原子即可,顺序无所谓; | + | |
- | - 如果需要固定键角,则需要将键角顶点原子第二个被选中,例如如果我们希望固定水分子中H-O-H键角,则首先选中H,然后选中O,然后选中H; | + | |
- | - 二面角与此类似,二面角转动轴上的两个原子在中间,4个原子按顺序选中。 | + | |
- | 例如下图中,选中两个C原子,右侧出现C(20)C(5)(distance),表示$C_{20}C_5$之间的距离,点击前面的+,即可实现固定该键长。 | + | 另外需要增加的设置如下: |
- | {{ : | + | - 进入Model - Geometry Constraints and PES Scan; |
+ | - 设置固定条件: | ||
+ | - 如果需要固定两个原子之间的距离(键长),则选中两个原子即可,顺序无所谓,之后点击右侧出现的“......(distance)”选项前的+,则可以固定该键长 | ||
+ | - 如果需要固定键角,则需要将键角顶点原子第二个被选中,例如如果我们希望固定水分子中H-O-H键角,则首先选中H,然后选中O,然后选中H;之后点击右侧出现的“......(distance)”选项前的+,即可固定该键角 | ||
+ | - 二面角与此类似,二面角转动轴上的两个原子在中间,4个原子按顺序选中,之后点击右侧出现的“......(dihedral)”选项前的+,即可固定该二面角。 | ||
+ | - “......(fix position)”选项前的+,可以固定选中的原子的坐标。例如: | ||
+ | {{ : | ||
- | 另外,需要修改坐标系为笛卡尔坐标:Details > Geometry Convergence > Coodinates used for optimization: Catesian | + | 保存任务后运行。 |
+ | |||
+ | =====结果查看===== | ||
+ | SCM - Movie: | ||
+ | {{ : | ||
+ | 可以看到固定位置的原子在优化过程中,没有发生移动。 |