这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版后一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:remdofams [2019/12/13 15:48] – liu.jun | adf:remdofams [2020/03/24 17:21] – liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
======新的分子动力学反应加速算法REMD====== | ======新的分子动力学反应加速算法REMD====== | ||
- | 用法:在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段,例如: | + | 用法:AMS常规的分子动力学模拟任务生成的*.run文件中,在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段,例如: |
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MolecularDynamics | MolecularDynamics | ||
行 18: | 行 18: | ||
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其中, | 其中, | ||
- | * **AllowWrongResults:**REMD算法中,存在多个副本运算,当副本合并产生物理上某些不正确的结果时,允许与其他性质合并 | + | * **AllowWrongResults:**REMD算法中,存在多个副本运算,当副本合并产生物理上某些不正确的结果时,允许与其他性质合并。若无此条关键词,则该值取默认值Faulse |
- | * **EWMALength:**Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor. | + | * **EWMALength:**Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor.默认值为10 |
- | * **SwapFrequency**:Attempt an exchange every N steps | + | * **SwapFrequency**:Attempt an exchange every N steps.默认值100 |
* **TemperatureFactors:**这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度,第二值设置第三副本相对于第二副本的温度,以此类推。如果值个数比nReplicas小,则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures,二者只能使用其中一个。 | * **TemperatureFactors:**这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度,第二值设置第三副本相对于第二副本的温度,以此类推。如果值个数比nReplicas小,则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures,二者只能使用其中一个。 | ||
* **Temperatures:**列出除了第一副本外,其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。 | * **Temperatures:**列出除了第一副本外,其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。 | ||
- | * **nReplicas:**副本个数 | + | * **nReplicas:**副本个数。注意动力学计算我们本身会设置一个温度,Temperatures或TemperatureFactors会设置N个副本,因此nReplicas实际上是N+1 |
- | 该方法适用于除ReaxFF外,所有分子动力学,包括BAND、DFTB、MOPAC、ReaxAMS模块 | + | |
+ | * <color blue> |