这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版后一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:reaxffcountbonds [2023/12/08 12:05] – [2,统计环、氢键] liu.jun | adf:reaxffcountbonds [2024/05/14 11:50] – liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ======用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、特定的键的数目变化====== | + | ======用python统计ReaxFF轨迹中的分子个数、键、氢键、环的数目变化====== |
=====1,统计化学键===== | =====1,统计化学键===== | ||
{{: | {{: | ||
- | 该脚本只能分析AMS2023.101-2023.104之间的版本的ReaxFF输出轨迹文件*.results/ | + | 该脚本适用于AMS2023.101以上的版本(注意轨迹文件也需要同版本)。 |
运行方式: | 运行方式: | ||
- | * AMSjobs进入作业所在文件夹 → Help → Command-line → 打开命令行窗口输入sh回车(如果是Linux,本身就有命令行,直接打开命令行即可) | + | |
* 该脚本下载到某作业所在文件夹,与作业的*.resutls/ | * 该脚本下载到某作业所在文件夹,与作业的*.resutls/ | ||
- | * 在命令行输入:amspython MoleculesTable.py test.results/ | + | * 在命令行输入:amspython MoleculesTable-nPlots.py test.results/ |
{{ : | {{ : | ||
行 33: | 行 33: | ||
=====2,增加环、氢键统计功能===== | =====2,增加环、氢键统计功能===== | ||
- | 2023.104以后的版本,**在原先脚本功能的基础上增加了**对环与氢键的统计。{{: | + | 2023.104以后的版本,**在原先脚本功能的基础上增加了**对环与氢键的统计。{{: |
+ | |||
+ | ams.rkf文件可以是旧的,但是分析的时候,软件必须是最新的,因为python分析的时候,调用了一个库,2023.104及其之前的版本里面没有。 | ||
+ | |||
+ | 开关: | ||
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switch = {' | switch = {' |