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adf:reaxffabsorption

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adf:reaxffabsorption [2019/12/10 17:07] – [创建D102 Indoline Dye] liu.junadf:reaxffabsorption [2019/12/18 22:35] (当前版本) – [198K、NVT系综弛豫10ps] liu.jun
行 39: 行 39:
 {{ :adf:reaxffabsorption05.png?700 }} {{ :adf:reaxffabsorption05.png?700 }}
  
-得到分子结构（可以直接将如下内容粘贴到Input窗口）: +[[adf:TiO2structures|得到分子结构]]（可以直接将如下内容粘贴到Input窗口）
-<code> +
-73+
  
-C       2.71274977       2.05425269       5.15593661 
-C       1.69795838       1.42346311       5.89739173 
-H      -1.06545116       2.67431321       4.14498868 
-H       0.78515173       3.78680140       2.83911305 
-H       3.20212059       3.39666242       3.48505620 
-H       3.78131123       1.88662663       5.42916159 
-H       1.95432242       0.75257913       6.74437141 
-C      -0.79705337       1.00746836       6.28726106 
-C      -2.11359833       0.90563539       5.53809146 
-C      -2.11538426       0.39432235       4.20066776 
-C      -3.34114521       0.28735191       3.51699475 
-C      -4.55233636       0.68314153       4.14650209 
-C      -4.54081914       1.19689652       5.47084970 
-C      -3.32718424       1.32190794       6.17347110 
-H      -1.16375590       0.08668561       3.71387643 
-H      -3.36054275      -0.10904673       2.47500208 
-H      -5.51647820       0.59326506       3.59758874 
-H      -5.49642731       1.50406378       5.95754956 
-H      -3.31015899       1.71687775       7.21329789 
-C      -0.60348984       0.61717744       7.60340381 
-C      -1.64365537      -0.07845310       8.36596810 
-C      -1.55790840      -0.03470196       9.81813191 
-C      -2.58905785      -0.57512720      10.57261197 
-C      -3.71850376      -1.18142198       9.92413105 
-C      -3.75584001      -1.32403759       8.49619375 
-C      -2.72787833      -0.80456514       7.72479363 
-H      -0.69155805       0.45286200      10.31635012 
-H      -2.53879089      -0.51963895      11.68363061 
-H       0.35264904       0.86940966       8.10572755 
-H      -4.59713156      -1.86296713       7.99407646 
-H      -2.74455061      -0.93326608       6.62092408 
-N      -4.77678605      -1.65916652      10.69841351 
-C      -6.77988061      -2.57514303      11.73594206 
-C      -6.04220678      -2.23623957      10.54810007 
-C     -10.01906625      -3.82831050      10.08045012 
-H      -5.49568698       0.50320986      12.01750415 
-H      -3.88009672       0.54826508      12.82865902 
-C       0.32942155       1.65018006       5.52844507 
-C      -5.95879409      -2.23734584      13.01018238 
-C      -4.69023339      -1.51612711      12.46334565 
-C      -0.00292916       2.50134918       4.42083047 
-C      -6.60641240      -2.49300799       9.25667356 
-C       2.38946629       2.90129417       4.06097940 
-C       1.03198846       3.11943688       3.69848260 
-H      -5.71662513      -3.14854112      13.61911058 
-C      -8.05930845      -3.13650017      11.69219492 
-H      -3.71494348      -1.95467698      12.77677333 
-C      -8.64160026      -3.32571559      10.38882583 
-C      -7.88567357      -3.04021852       9.18872899 
-H      -8.34182841      -3.23437645       8.19331797 
-H      -6.05444130      -2.24776621       8.31519568 
-H      -8.57845842      -3.43815456      12.62597167 
-C     -11.11518058      -3.74387959      10.89335104 
-C     -12.49223752      -4.22118061      10.56554014 
-N     -13.40247996      -3.97323823      11.65841719 
-C     -13.05565362      -3.33856194      12.85046536 
-S     -11.04919205      -2.94770237      12.59326807 
-O     -12.87475071      -4.79889778       9.42158966 
-S     -13.81122435      -2.93381605      14.14718570 
-H     -10.18501016      -4.28666194       9.07711243 
-C     -14.94180308      -4.43185374      11.37185567 
-H      -7.15020304      -1.56371607      14.82145525 
-C     -15.34726301      -5.22555673      12.59961530 
-H     -14.91775001      -5.01623738      10.41635663 
-H      -7.53082530      -0.66665448      13.30470670 
-C      -6.69792773      -1.13704851      13.88884448 
-C      -4.85415154      -0.00726832      12.78545598 
-C      -5.57210553      -0.09608996      14.19186511 
-H      -4.87193699      -0.46703178      14.98606364 
-H      -5.97491469       0.89169158      14.53786762 
-O     -16.82404213      -5.50212659      12.42087237 
-H     -15.53756181      -3.49607268      11.23130968 
-O     -14.58985142      -5.61997285      13.58999996 
-VEC1     100.00000000       0.00000000       0.00000000  
-VEC2       0.00000000     100.00000000       0.00000000  
-VEC3       0.00000000       0.00000000     100.00000000  
-</code> 
 =====ReaxFF模拟单个染料分子在TiO2表面的吸附===== =====ReaxFF模拟单个染料分子在TiO2表面的吸附=====
 ==== 能量最小化==== ==== 能量最小化====
-如文献中所说，先将一个染料分子放在<chem>TIO2</chem>表面，羧基的两个O原子与Ti原子距离为1.9埃。之后进行结构优化（[[https://www.jianguoyun.com/p/DRezcZ4QmZ2ZBhjW9Ss|*.adf文件下载]]）。在该初始结构中，两个Ti原子和羧基上的两个O原子的距离分别为2.08埃、2.19埃。文献中说是1.9埃。实际上因为Ti和O属于化学吸附，因此初始键长只要和1.9埃差别不太大，经过能量最小化之后，都可以得到该结果。实际上，使用该*.adf文件能量最小化后，键长确实为1.9埃，与文献一致。+如文献中所说，先将一个染料分子放在<chem>TIO2</chem>表面，羧基的两个O原子与Ti原子距离为1.9埃。之后进行结构优化（[[adf:TiO2-molecule|初始结构]]）。在该初始结构中，两个Ti原子和羧基上的两个O原子的距离分别为2.08埃、2.19埃。文献中说是1.9埃。实际上因为Ti和O属于化学吸附，因此初始键长只要和1.9埃差别不太大，经过能量最小化之后，都可以得到该结果。实际上，使用该*.adf文件能量最小化后，键长确实为1.9埃，与文献一致。
  
 ====198K、NVT系综弛豫10ps==== ====198K、NVT系综弛豫10ps====
 上一步优化结束后，图形窗口会提示Read new coordinates from .../*.rxkf？点YES读取优化好的结构。鉴于文献中的模拟过程是： 上一步优化结束后，图形窗口会提示Read new coordinates from .../*.rxkf？点YES读取优化好的结构。鉴于文献中的模拟过程是：
  
-  - 198K、NVT系综弛豫10ps，得到平衡结构（[[https://www.jianguoyun.com/p/DczUp_EQmZ2ZBhjU_Cs|文件下载]]）；+  - 198K、NVT系综弛豫10ps，得到平衡结构（[[adf:TiO2-Moleculerelax|坐标文件可以直接复制粘贴到Input]]）；
   - 在上一步的结构上，接着进行50ps、NVT系综的分子动力学模拟：   - 在上一步的结构上，接着进行50ps、NVT系综的分子动力学模拟：
     * 经过5ps的时间内升温到298K（鉴于此，猜测文中出现笔误，第一步的198K被笔误为298K。而一般采用低温弛豫，因此本文直接采用了198K）；     * 经过5ps的时间内升温到298K（鉴于此，猜测文中出现笔误，第一步的198K被笔误为298K。而一般采用低温弛豫，因此本文直接采用了198K）；
adf/reaxffabsorption.txt · 最后更改: 2019/12/18 22:35 由 liu.jun

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