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adf:propylacetoneinwater [2017/03/27 19:15] – 创建 liu.jun | adf:propylacetoneinwater [2020/10/13 21:11] – [参数设置] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ====== | + | ====== |
- | =====结构优化===== | ||
- | FDE方法是一种显式溶剂方法,也就是要把溶剂分子与溶质分子都在ADFinput中画出来,需要指明其位置。本例中只是简单地认为溶质周围有3个水分子。[[https:// | ||
=====FDE方法精确考虑溶剂的影响===== | =====FDE方法精确考虑溶剂的影响===== | ||
+ | 理论参考:[[adf: | ||
+ | 本例分子结构: | ||
+ | < | ||
+ | C -1.23174200 | ||
+ | C -0.52638000 | ||
+ | C -1.19636100 | ||
+ | C | ||
+ | C | ||
+ | C | ||
+ | O | ||
+ | H -0.67065000 | ||
+ | H -1.40622600 | ||
+ | H -2.22525300 | ||
+ | H -1.14058200 | ||
+ | H -2.24403100 | ||
+ | H -0.68940600 | ||
+ | H | ||
+ | H | ||
+ | H | ||
+ | H | ||
+ | O | ||
+ | H | ||
+ | H | ||
+ | O | ||
+ | H | ||
+ | H | ||
+ | O | ||
+ | H | ||
+ | H | ||
+ | </ | ||
+ | ====参数设置==== | ||
+ | 将体系分为两个区域(溶剂、溶质两个区域),分区的操作如果不熟悉,可以参考[[adf: | ||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 设置基本的激发态计算参数: | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | 单独为H指定较小的基组DZP(不冻芯) | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | FDE方法必须使用STO拟合电子密度: | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | FDE方法必须设置Nosym: | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 点击下图中+,设置water分区为FDE分区,并勾选Relax表示考虑溶剂、溶质的互相影响: | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 勾选Relax,将会反复计算两个分区,直到达到平衡,如果不勾选,计算量则小很多。 | ||
+ | |||
+ | **<color blue> | ||
+ | |||
+ | 保存并提交任务,参考:[[adf: | ||
+ | |||
+ | ====结果查看==== | ||
+ | 点击ADF LOGO > Spectra,显示溶质的紫外吸收光谱。默认横坐标是Hartree,Axes - Horizontal Unit可以修改为nm: | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 两个吸收峰如图中绿色框所示,其中波长最长的吸收峰非常低。点击下方绿框内具体的吸收峰,右下方将用蓝色数字显示其构造(由哪个占据轨道跃迁到哪个空轨道,点击蓝字,可以分别将两个轨道的形状显示出来),并可以调整显示的效果(参考:[[adf: | ||
+ | |||
+ | * 计算有机物的紫外可见吸收谱,往往使用B3LYP能得到很好的结果,但该泛函不适用于多金属中心体系 | ||
+ | * 选择菜单栏Axes - Molar Adsorption Coefficient,将显示摩尔吸收系数 | ||
+ | * 横坐标单位为Hartree,点击菜单栏Axes - Horizontal Unit - nm可以修改为nm,但是注意横坐标不要出现负值,否则转换的时候会报错 | ||
+ | * 吸收峰的强度只要不为0,往往在实验中就能观察到 |