adf:periodicity
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:periodicity [2024/01/11 17:30] – [1，我的体系是一个明明是三维的，有厚度，怎么叫二维材料？] liu.jun | adf:periodicity [2024/04/02 18:51] – [8，典型错误操作] liu.jun | ||
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| 行 21: | 行 21: | ||
| 对基于力场的分子动力学而言： | 对基于力场的分子动力学而言： | ||
| - | * 一般都是三维周期边界。如果是二维、一维周期边界，如果固体表面存在分子，则分子会扩散到周围无限大的真空中去，因此一般只会使用三维周期边界。 | + | * 一般都是三维周期边界。**如果是二维、一维、None周期边界，如果固体表面存在分子，则分子会扩散到周围无限大的真空中去**，因此一般只会使用三维周期边界。 |
| =====3，怎么创建盒子？===== | =====3，怎么创建盒子？===== | ||
| 行 55: | 行 55: | ||
| 如果选择 view outside，则会显示 Cell 外部一定距离的原子情况，用户可以自行尝试。 | 如果选择 view outside，则会显示 Cell 外部一定距离的原子情况，用户可以自行尝试。 | ||
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| + | 即，在Cell边界上的“棍”是指该Cell中的原子，和相邻Cell中的原子是成键的，但由于周期性的原因，只显示一个Cell的原子即可，因此相邻Cell的原子不再显示，而相邻周期的原子，实际上就是本Cell平移一个周期的位置上的那个原子。而此除显示为虚影，就是告诉用户，虚影处是有原子的，但是不显示，因为在隔壁Cell。 | ||
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| + | =====8，典型错误操作==== | ||
| + | 如果充分理解以上，则不可能犯下面的错误： | ||
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| + | 一个体系，无论是Slab、Bulk，还是气相混合物，弛豫完成之后，直接修改Cell尺寸。这是一个对周期性完全不理解，导致的错误操作。拿二维体系来说，例如一个石墨烯，直接扩大Cell，就成了石墨烯豆腐块，中间隔几十埃的真空。——为什么？因为Cell边界附近的原子，和隔壁Cell的原子是成键的，直接加几十埃的真空，就相当于把这个键拉伸到几十埃长，对ReaxFF、DFTB、DFT而言，那就是断键了。 | ||
| + | |||
| + | 跨越Cell边界的分子，也是类似！ | ||
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| + | 简而言之，直接扩大Cell，令跨越Cell边界的分子碎裂，令跨越Cell边界的二维材料被切割开，令跨越Cell边界的晶体，成为了团簇。 | ||
adf/periodicity.txt · 最后更改: 2024/04/03 17:25 由 liu.jun