adf:parameters
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:parameters [2019/12/04 14:23] – [Main] liu.jun | adf:parameters [2020/09/17 11:09] – liu.jun | ||
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| 行 10: | 行 10: | ||
| **Preset：**常用的选项包括Single Point、Frequencies、Geometry Optimization、Geometry Opt & Freqs、Linear Transit、Transition State Search。 | **Preset：**常用的选项包括Single Point、Frequencies、Geometry Optimization、Geometry Opt & Freqs、Linear Transit、Transition State Search。 | ||
| * Single Point：计算某一种分子结构的性质（比如计算HOMO、LUMO，或者吸收光谱、NMR性质等等），之所以叫做单点，是指这种性质只由当前的这种结构就可以计算出来。其他选项，例如Fragment Analysis、Properties Only、Strict选项实际上等同于选择Single Point，具体可以参考[[adf: | * Single Point：计算某一种分子结构的性质（比如计算HOMO、LUMO，或者吸收光谱、NMR性质等等），之所以叫做单点，是指这种性质只由当前的这种结构就可以计算出来。其他选项，例如Fragment Analysis、Properties Only、Strict选项实际上等同于选择Single Point，具体可以参考[[adf: | ||
| - | * Frequencies：计算分子的振动性质，比如红外频率、以及热力学性质（与分子的振动有关）。详细使用参考[[adf: | ||
| * Geometry Optimization：对分子进行能量最小化，也就是所谓的结构优化。自然界存在的分子，其分子结构一般而言都是处于能量的最低点（当然可能是局域最低点，也可能是全局最低点），也就是说通过结构优化，可以得到分子的真实键长、键角、几何构型。一般而言，结构优化的可靠性是很高的，即使不太精确的泛函、比较小的基组，比较低的积分精度，得到的几何结构也和精确的参数相差很小（误差仅在0.001埃的量级），因此一般结构优化都不需要使用很高精度的方法和基组。基态、激发态的几何结构优化，都是使用该选项，但其他参数设置有差别。典型案例参考[[adf: | * Geometry Optimization：对分子进行能量最小化，也就是所谓的结构优化。自然界存在的分子，其分子结构一般而言都是处于能量的最低点（当然可能是局域最低点，也可能是全局最低点），也就是说通过结构优化，可以得到分子的真实键长、键角、几何构型。一般而言，结构优化的可靠性是很高的，即使不太精确的泛函、比较小的基组，比较低的积分精度，得到的几何结构也和精确的参数相差很小（误差仅在0.001埃的量级），因此一般结构优化都不需要使用很高精度的方法和基组。基态、激发态的几何结构优化，都是使用该选项，但其他参数设置有差别。典型案例参考[[adf: | ||
| * Geometry Opt & Freqs：对分子进行结构优化，完成之后，自动计算优化好的那个结构的频率。如此就可以检查是不是存在负的频率（也就是所谓的虚频） | * Geometry Opt & Freqs：对分子进行结构优化，完成之后，自动计算优化好的那个结构的频率。如此就可以检查是不是存在负的频率（也就是所谓的虚频） | ||
| + | * Frequencies：计算分子的振动性质，比如红外频率、以及热力学性质（与分子的振动有关）。详细使用参考[[adf: | ||
| * Linear Transit：线性过渡。其用途参考[[adf: | * Linear Transit：线性过渡。其用途参考[[adf: | ||
| + | * IRC：进行内反应坐标计算，用于验证过渡态、反应物、产物 | ||
| * Transition State Search：过渡态搜索。其用途参考[[adf: | * Transition State Search：过渡态搜索。其用途参考[[adf: | ||
| + | * Properties Only：相当于Single Point | ||
| **Total Charge：**指左边窗口整个体系总共带的电量。ADF2016以后的版本也支持将电荷指定到特定的片段上去（在Model > Constraint DFT中设置） | **Total Charge：**指左边窗口整个体系总共带的电量。ADF2016以后的版本也支持将电荷指定到特定的片段上去（在Model > Constraint DFT中设置） | ||
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| **XC Functional：**指定计算所使用的泛函。参考：[[adf: | **XC Functional：**指定计算所使用的泛函。参考：[[adf: | ||
| - | **Relativity：**指定相对论的设置。一般对重元素必须使用，轻元素可用可不用。启更详细介绍，请参考[[adf: | + | **Relativity：**指定相对论的设置。一般对重元素必须使用，轻元素可用可不用。启更详细介绍，请参考[[adf: |
| **Basis Set：**设置计算所使用的基组，具体参考：[[adf: | **Basis Set：**设置计算所使用的基组，具体参考：[[adf: | ||
| - | **Frozen Core：**参考同上。但对于重元素，例如Cu、U，使用Core Large的结果往往更可靠。 | + | **Frozen Core：**参考同上。但对于重元素，例如Cu、U，使用Core Large的结果往往更可靠。Forzen Core的含义：一般认为内层电子不参与化学反应，在原子中与在分子中几乎没有差别，因此为了节省计算量，对内层电子直接沿用原子轨道，只让外层电子参与自洽迭代，这样能够相当大的节省计算量。Core None指没有电子被冻芯，Core Large指最大程度地冻结电子，只保留最少的价电子参与迭代。具体可以为每种元素指定冻芯程度。设置方法参考：[[adf: |
| **Numerical Quality：**设置空间积分的精度，一般结构优化选用Normal，性质计算选用Good（实际上一般用Normal也可以，对结果影响很小），如果使用metaGGA或者Meta-Hybrid，则需要使用Very Good或者Excellent。NMR、ESR计算，必须选择Good或者Very Good。精度越高，表示将分子所在的空间划分的格点越细，这样计算量越大，计算得到的波函数也越精细。而meta泛函之所以选择高精度，是因为meta泛函与电子密度空间分布的二阶导相关。一般meta泛函只是在非常局域的轨道存在的时候使用，例如存在d电子、f电子的体系，这些体系电子密度在空间分布中震荡很剧烈，二次二阶梯度也较大。格点不够细致的话，会漏掉很多剧烈震荡的信息。 | **Numerical Quality：**设置空间积分的精度，一般结构优化选用Normal，性质计算选用Good（实际上一般用Normal也可以，对结果影响很小），如果使用metaGGA或者Meta-Hybrid，则需要使用Very Good或者Excellent。NMR、ESR计算，必须选择Good或者Very Good。精度越高，表示将分子所在的空间划分的格点越细，这样计算量越大，计算得到的波函数也越精细。而meta泛函之所以选择高精度，是因为meta泛函与电子密度空间分布的二阶导相关。一般meta泛函只是在非常局域的轨道存在的时候使用，例如存在d电子、f电子的体系，这些体系电子密度在空间分布中震荡很剧烈，二次二阶梯度也较大。格点不够细致的话，会漏掉很多剧烈震荡的信息。 | ||
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| {{: | {{: | ||
| =====Model===== | =====Model===== | ||
| + | * Coordinates：列出分子中每个原子的坐标。如果分子很大，那么可能需要拖动一下窗口的边沿改变一下窗口的尺寸，这样才会出现滚动条，从而看到所有的原子的坐标。鼠标点击某一行（这一行列出的是该原子的x、y、z坐标值）的时候，左边窗口的原子也会高亮显示。 | ||
| + | * Region：设置片段。参考[[adf: | ||
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| * Constraint DFT：如果正确的设置了片段（设置片段的方式，参考[[adf: | * Constraint DFT：如果正确的设置了片段（设置片段的方式，参考[[adf: | ||
| - | * Coordinates：列出分子中每个原子的坐标。如果分子很大，那么可能需要拖动一下窗口的边沿改变一下窗口的尺寸，这样才会出现滚动条，从而看到所有的原子的坐标。鼠标点击某一行（这一行列出的是该原子的x、y、z坐标值）的时候，左边窗口的原子也会高亮显示。 | ||
| * DIM/ | * DIM/ | ||
| * Electric Field：为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场，也可以是匀强电场。设置方式参考：[[adf: | * Electric Field：为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场，也可以是匀强电场。设置方式参考：[[adf: | ||
| - | * Geometry Constraints and Scan：进行Linear Transit计算，或者限制性结构优化（参考[[adf: | + | * Geometry Constraints and LT：进行Linear Transit计算，或者限制性结构优化。分别参考[[adf: |
| - | * IRC与Linear Transit （old）：这是内反应路径计算，以及旧的Linear Transit方案，不是很常用。 | + | * Intrinsic Reaction Coordinate(IRC)：这是内反应坐标计算，用来验证过渡态、反应物、产物，该方法不太很常用。 |
| - | * MD via ASE：基于DFT的非周期性的分子动力学模拟。参数设置与一般的分子动力学类似。其中Sampling Frequency是指每模拟多少步，保存一次坐标信息。Simulation Method设置系综，可以参考ReaxFF模块的系综设置：[[adf: | + | * Linear Transit （Old）：势能面扫描的其中一种搜索方式。 |
| * Minimum Energy Crossing Point：计算MECP的设置 | * Minimum Energy Crossing Point：计算MECP的设置 | ||
| - | * Nudged Elastic Band：使用NEB方法搜索过渡态。ADF原先有更为精确的过渡态搜索方法。此处的NEB方法是一种比较粗糙的过渡态搜索方法。但该方法很流行。 | ||
| - | * Region：设置片段。参考[[adf: | ||
| * Solvation：考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化，则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf: | * Solvation：考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化，则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf: | ||
| * Spin and Occupation：如果默认计算得到的电子占据方式不正确，并且体系有对称性，那么使用这个选项，手工地指定电子的占据方式。使用方法参考：[[adf: | * Spin and Occupation：如果默认计算得到的电子占据方式不正确，并且体系有对称性，那么使用这个选项，手工地指定电子的占据方式。使用方法参考：[[adf: | ||
| 行 71: | 行 73: | ||
| ====TDA==== | ====TDA==== | ||
| - | 一种近似TDDFT，一定程度上，会降低TDDFT可靠度 | + | 一种近似TDDFT，一定程度上，会降低TDDFT可靠度。某些功能必须要求打开该功能，具体在保存任务的时候，会弹出提示。 |
| ====Number of Excitations==== | ====Number of Excitations==== | ||