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adf:parameters [2018/11/29 14:53] – [Type of excitations] liu.junadf:parameters [2019/12/04 14:31] – [Model] liu.jun
行 24: 行 24:
 **XC Functional：**指定计算所使用的泛函。参考：[[adf:functional|]] **XC Functional：**指定计算所使用的泛函。参考：[[adf:functional|]]
  
-**Relativity：**指定相对论的设置。默认不使用相对论（None）。启用相对论，请参考[[adf:relativity|]]、[[adf:s-trelative]]、[[adf:nonrels-t|]]+**Relativity：**指定相对论的设置。一般对重元素必须使用，轻元素可用可不用。启更详细介绍，请参考[[adf:relativity|]]、[[adf:s-trelative]]、[[adf:nonrels-t|]]
  
 **Basis Set：**设置计算所使用的基组，具体参考：[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:diffbasisfordiffelement]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]] **Basis Set：**设置计算所使用的基组，具体参考：[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:diffbasisfordiffelement]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]
行 30: 行 30:
 **Frozen Core：**参考同上。但对于重元素，例如Cu、U，使用Core Large的结果往往更可靠。 **Frozen Core：**参考同上。但对于重元素，例如Cu、U，使用Core Large的结果往往更可靠。
  
-**Numerical Quality：**设置空间积分的精度，一般结构优化选用Normal，性质计算选用Good（实际上一般用Normal也可以，对结果影响很小），如果使用metaGGA或者Meta-Hybrid，则需要使用Very Good或者Excellent。精度越高，表示将分子所在的空间划分的格点越细，这样计算量越大，计算得到的波函数也越精细。而meta泛函之所以选择高精度，是因为meta泛函与电子密度空间分布的二阶导相关。一般meta泛函只是在非常局域的轨道存在的时候使用，例如存在d电子、f电子的体系，这些体系电子密度在空间分布中震荡很剧烈，二次二阶梯度也较大。格点不够细致的话，会漏掉很多剧烈震荡的信息。+**Numerical Quality：**设置空间积分的精度，一般结构优化选用Normal，性质计算选用Good（实际上一般用Normal也可以，对结果影响很小），如果使用metaGGA或者Meta-Hybrid，则需要使用Very Good或者Excellent。NMR、ESR计算，必须选择Good或者Very Good。精度越高，表示将分子所在的空间划分的格点越细，这样计算量越大，计算得到的波函数也越精细。而meta泛函之所以选择高精度，是因为meta泛函与电子密度空间分布的二阶导相关。一般meta泛函只是在非常局域的轨道存在的时候使用，例如存在d电子、f电子的体系，这些体系电子密度在空间分布中震荡很剧烈，二次二阶梯度也较大。格点不够细致的话，会漏掉很多剧烈震荡的信息。
  
-{{:adf:adfinput02.png|}}+{{:adf:adfinput02.jpg|}}
 =====Model===== =====Model=====
 +  * Coordinates：列出分子中每个原子的坐标。如果分子很大，那么可能需要拖动一下窗口的边沿改变一下窗口的尺寸，这样才会出现滚动条，从而看到所有的原子的坐标。鼠标点击某一行（这一行列出的是该原子的x、y、z坐标值）的时候，左边窗口的原子也会高亮显示。
 +  * Region：设置片段。参考[[adf:creatregion]]。
 +
  
   * Constraint DFT：如果正确的设置了片段（设置片段的方式，参考[[adf:creatregion]]），那么在此处可以为每个片段单独设置电荷。点击Change Constraints之后，在Region下拉框选择要设置的区域，然后在Charge里面为该区域指定电荷。   * Constraint DFT：如果正确的设置了片段（设置片段的方式，参考[[adf:creatregion]]），那么在此处可以为每个片段单独设置电荷。点击Change Constraints之后，在Region下拉框选择要设置的区域，然后在Charge里面为该区域指定电荷。
-  * Coordinates：列出分子中每个原子的坐标。如果分子很大，那么可能需要拖动一下窗口的边沿改变一下窗口的尺寸，这样才会出现滚动条，从而看到所有的原子的坐标。鼠标点击某一行（这一行列出的是该原子的x、y、z坐标值）的时候，左边窗口的原子也会高亮显示。 
   * DIM/QM：这是设置DIM/QM区域。通常用于计算大的团簇（几百上千原子）表面吸附分子的激发态、表面增强拉曼等等，如果将所有原子都精确计算的话，计算量就非常的大。DIM/QM做了分别对待，对部分区域（被设置为DIM part的区域）采用高效率的处理。   * DIM/QM：这是设置DIM/QM区域。通常用于计算大的团簇（几百上千原子）表面吸附分子的激发态、表面增强拉曼等等，如果将所有原子都精确计算的话，计算量就非常的大。DIM/QM做了分别对待，对部分区域（被设置为DIM part的区域）采用高效率的处理。
   * Electric Field：为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场，也可以是匀强电场。设置方式参考：[[adf:efield|]]   * Electric Field：为分子设置一个外加的电场。这个电场可以是点电荷导致的电场，也可以是匀强电场。设置方式参考：[[adf:efield|]]
-  * Geometry Constraints and Scan：进行Linear Transit计算的时候需要设置此处，具体参考：[[adf:TSSexample]] +  * Geometry Constraints and LT：进行Linear Transit计算，或者限制性结构优化。分别参考[[adf:restrictopt]]，以及[[adf:TSSexample]] 
-  * IRC与Linear Transit （old）：这是内反应路径计算，以及旧的Linear Transit方案，不是很常用。 +  * Intrinsic Reaction Coordinate(IRC)：这是内反应坐标计算，用来验证过渡态、反应物、产物，该方法不太很常用。 
-  * MD via ASE：基于DFT的非周期性的分子动力学模拟。参数设置与一般的分子动力学类似。其中Sampling Frequency是指每模拟多少步，保存一次坐标信息。Simulation Method设置系综，可以参考ReaxFF模块的系综设置：[[adf: selectmethodofreaxff]]+  * Linear Transit （Old）：势能面扫描的其中一种搜索方式。
   * Minimum Energy Crossing Point：计算MECP的设置   * Minimum Energy Crossing Point：计算MECP的设置
-  * Nudged Elastic Band：使用NEB方法搜索过渡态。ADF原先有更为精确的过渡态搜索方法。此处的NEB方法是一种比较粗糙的过渡态搜索方法。但该方法很流行。 
-  * Region：设置片段。参考[[adf:creatregion]]。 
   * Solvation：考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化，则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf:cosmo]]。SM12的设置类似COSMO。   * Solvation：考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化，则将Solvation method从none改为SCRF或者COSMO或SM12即可。其中COSMO和SCRF参考SCRF[[adf:cosmo]]。SM12的设置类似COSMO。
   * Spin and Occupation：如果默认计算得到的电子占据方式不正确，并且体系有对称性，那么使用这个选项，手工地指定电子的占据方式。使用方法参考：[[adf:如何为对称性的分子指定电子的占据方式|]]   * Spin and Occupation：如果默认计算得到的电子占据方式不正确，并且体系有对称性，那么使用这个选项，手工地指定电子的占据方式。使用方法参考：[[adf:如何为对称性的分子指定电子的占据方式|]]
行 59: 行 59:
   * Spin-Orbit (Perturbative)：用微扰的方式考虑旋轨耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Scalar，参考：[[adf:lifetime]]   * Spin-Orbit (Perturbative)：用微扰的方式考虑旋轨耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Scalar，参考：[[adf:lifetime]]
   * Spin-Orbit (SCF)：考虑旋归耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Spin-Orbit，参考：[[adf:lifetime]]   * Spin-Orbit (SCF)：考虑旋归耦合。要求ADFinput > Main > Relativity也设置为Spin-Orbit，参考：[[adf:lifetime]]
-  * 补充说明：Main菜单是关于基态的。Properties > Excitations(UV/Vis),CD 是关于激发态的参数设置。如果Main选择了Scalar，激发态选择Spin-Orbit (Perturbative)，表示基态使用标量相对论，激发态计算通过微扰理论，将自旋轨道耦合考虑为微扰算符，进而计算旋轨耦合。如果Main选择Scalar，激发态选择Allowed only或者Singlet Only、Trinplet Only、Singletandtriplet，则表示不考虑自旋轨道耦合，但相对论对电子动能的影响则是考虑在内的。目前相对论效应的影响主要包括：动能、旋轨耦合两方面。+ 
 +===补充说明：=== 
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 +Main菜单是关于基态的。Properties > Excitations(UV/Vis),CD 是关于激发态的参数设置。如果Main选择了Scalar，激发态选择Spin-Orbit (Perturbative)，表示基态使用标量相对论，激发态计算通过微扰理论，将自旋轨道耦合考虑为微扰算符，进而计算旋轨耦合。如果Main选择Scalar，激发态选择Allowed only或者Singlet Only、Trinplet Only、Singletandtriplet，则表示不考虑自旋轨道耦合，但相对论对电子动能的影响则是考虑在内的。目前相对论效应的影响主要包括：动能、旋轨耦合两方面。
 ====Method==== ====Method====
   * Davison：使用Davison近似对角化Kernel矩阵得到激发能，速度快，计算量小，精度可靠   * Davison：使用Davison近似对角化Kernel矩阵得到激发能，速度快，计算量小，精度可靠

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