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adf:optimizeff

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后一修订版
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adf:optimizeff [2019/12/18 21:25] – [2. 从*.t21抽取geo、trainset.in文件] liu.junadf:optimizeff [2022/03/10 21:39] – [1. 一系列结构的DFT计算(可以通过势能面扫描,也即Linear Transit得到)] liu.jun
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     * mcmxst是允许运行的最大步数,这个参数需要改大,否则默认值为0,只运行一步。     * mcmxst是允许运行的最大步数,这个参数需要改大,否则默认值为0,只运行一步。
  
-{{ :adf:mcff.pdf |详细英文教程下载(点击) }} +  * {{ :adf:mcff.pdf |详细英文教程下载(点击) }} 
-{{ :adf:mcff.zip |本文用到的Python脚本以及过程中生成的文件下载 }}+  {{ :adf:mcff.zip |本文用到的Python脚本以及过程中生成的文件下载 }}
  
 本文以<chem>CH3</chem>-Br为例,以DFT计算一系列<chem>CH3</chem>-Br的结构,用来优化含有Br、C、H的力场。本文中,扫描了Br从近远离甲基的势能面,因此优化得到的力场,应该能够较好地描述Br进攻甲基的反应过程。 本文以<chem>CH3</chem>-Br为例,以DFT计算一系列<chem>CH3</chem>-Br的结构,用来优化含有Br、C、H的力场。本文中,扫描了Br从近远离甲基的势能面,因此优化得到的力场,应该能够较好地描述Br进攻甲基的反应过程。
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 {{ :adf:mcff03.png?600 }} {{ :adf:mcff03.png?600 }}
  
-更详细的势能面扫描教程,参考:[[adf:peswithlineartransit]]+更详细的势能面扫描教程,参考:[[adf:peswithlineartransit2019]]
 =====2. 从*.t21抽取geo、trainset.in文件===== =====2. 从*.t21抽取geo、trainset.in文件=====
 下面的命令行操作,要求ADF的环境变量生效。用到的命令,都是ADF的内置命令,例如startpython就在adf201*.*/bin目录内。所以Linux、Mac较为便利。Windows需要用户自行测试。 下面的命令行操作,要求ADF的环境变量生效。用到的命令,都是ADF的内置命令,例如startpython就在adf201*.*/bin目录内。所以Linux、Mac较为便利。Windows需要用户自行测试。
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 =====3. 准备ffield文件===== =====3. 准备ffield文件=====
  
-相似的力场本例中用了CHOSFClN.ff,直接将其拷贝到当前目录(和前面生成的geo、trainset.in文件在同一个目录中),并修改名字为ffield。将Cl元素修改为Br元素。并修改一些其他的参数,比如原子价、有效质量、范德华半径、价电子个数等(具体参数的含义,[[https://www.scm.com/doc/ReaxFF/_downloads/ReaxFF-users-manual-2002.pdf|可以参考手册]])。具体如下(彩色的项目可能需要被改动):+相似的力场本例中用了CHOSFClN.ff,直接将其拷贝到当前目录(和前面生成的geo、trainset.in文件在同一个目录中),并修改名字为ffield。将Cl元素修改为Br元素。并修改一些其他的参数,比如原子价、有效质量、范德华半径、价电子个数等(具体参数的含义{{ :adf:reaxff-users-manual-2002.pdf |可以参考手册}})。具体如下(彩色的项目可能需要被改动):
  
 {{ :adf:mcff04.png?700 }} {{ :adf:mcff04.png?700 }}
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 生成的summery.txt列出了蒙特卡洛的过程,比较重要的数据是能量误差(Current error这一列数据),当然误差越小越好。生成的ffield_best是优化得到的力场,修改成自己希望的名字,例如CHOSFBrN.ff即可。同时也给出了最后一个被“接受(蒙特卡洛认为较优的力场)”蒙特卡洛生成的力场,名为ffield_last_accepted.1,供参考。 生成的summery.txt列出了蒙特卡洛的过程,比较重要的数据是能量误差(Current error这一列数据),当然误差越小越好。生成的ffield_best是优化得到的力场,修改成自己希望的名字,例如CHOSFBrN.ff即可。同时也给出了最后一个被“接受(蒙特卡洛认为较优的力场)”蒙特卡洛生成的力场,名为ffield_last_accepted.1,供参考。
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-[[https://www.jianguoyun.com/p/Deqz47IQmZ2ZBhikja4C|这几个生成的文件下载(链接如失效请联系ams@fermitech.com.cn)]] 
adf/optimizeff.txt · 最后更改: 2024/06/04 11:01 由 liu.jun

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