这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:nexafs_xanes [2018/03/14 13:26] – [参考材料] liu.jun | adf:nexafs_xanes [2020/12/02 16:44] – [优化$CH_2O$基态结构] liu.jun | ||
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======X射线近边吸收光谱(XANES)、扩展X射线吸收精细结构谱(EXAFS)====== | ======X射线近边吸收光谱(XANES)、扩展X射线吸收精细结构谱(EXAFS)====== | ||
- | =====文献===== | + | |
- | * G. Fronzoni, R. De Francesco, and M. Stener, L2,3 edge photoabsorption spectra of bulk V2O5: a two components relativistic time dependent density functional theory description with finite cluster model J. Chem. Phys., 137 2240308 (2012) | + | |
- | * G. Barcaro, L. Sementa, A. Fortunelli, and M. Stener, Optical Properties of Silver Nanoshells from Time-Dependent Density Functional Theory Calculations, | + | |
- | * G. Fronzoni, G. Balducci, R. De Francesco, M. Romeo, and M. Stener, Density Functional Theory Simulation of NEXAFS Spectra of Molecules Adsorbed on Surfaces: C2H4 on Si(100) Case Study J. Phys. Chem. C, 116 18910-18919 (2012). | + | |
=====Transition Potential方法(用于计算K边吸收)===== | =====Transition Potential方法(用于计算K边吸收)===== | ||
以$CH_2O$为例: | 以$CH_2O$为例: | ||
====优化$CH_2O$基态结构==== | ====优化$CH_2O$基态结构==== | ||
- | 参考:[[adf: | + | 参考:[[adf: |
优化结束后,可以在level中查看感兴趣的内层电子,例如A1不可约表示中的最低能级,也就是1 A1,实际上就是O原子的1s轨道。 | 优化结束后,可以在level中查看感兴趣的内层电子,例如A1不可约表示中的最低能级,也就是1 A1,实际上就是O原子的1s轨道。 | ||
行 16: | 行 13: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | ADFinput > Model > Spin and Occupation > Run ADF Guess,之后修改1 A1的电子占据数,beta电子从1.0改为0.5 | + | 保存并运行。这时候生成了*.t21文件,便于后面设置占据数。Model - Spin and Occupations这里读取了生成的*.t21文件,从而显示电子的占据情况,将要激发的电子,占据数从1修改为0.5: |
{{ : | {{ : | ||
行 28: | 行 25: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 如上图设置,只计算-20~-19.5Hartree之间的占据电子(从后面的计算结果来看,这个范围的,实际上就是O原子1s电子中,占据0.5beta电子的轨道能级。用户可以先如下所示一样,去掉激发态的设置,计算一遍基态,得到占据0.5电子的那个能级的范围,之后将激发的范围设定在这个区域) | + | 如上图设置,只计算-20~-19.5Hartree之间的占据电子(从后面的计算结果来看,这个范围的,实际上就是O原子1s电子中,占据0.5beta电子的轨道能级。用户可以先如上所示一样,去掉激发态的设置,计算一遍基态,得到占据0.5电子的那个能级的范围,之后将激发的范围设定在这个区域) |
- | + | ||
- | ====保存任务,并检查*.run文件==== | + | |
- | 提交任务前,务必检查*.run文件。2017版中,*.run文件内容如下: | + | |
- | <code bash> | + | |
- | #! /bin/sh | + | |
- | + | ||
- | " | + | |
- | ATOMS | + | |
- | 1 C | + | |
- | 2 O | + | |
- | 3 H | + | |
- | 4 H | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | GUIBONDS | + | |
- | 1 1 3 1.0 | + | |
- | 2 1 4 1.0 | + | |
- | 3 1 2 2.0 | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | UNRESTRICTED | + | |
- | + | ||
- | BASIS | + | |
- | type TZP | + | |
- | core None | + | |
- | createoutput None | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | XC | + | |
- | GGA PW91 | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | EXCITATIONS | + | |
- | SingleOrbTrans | + | |
- | ALLOWED | + | |
- | lowest 100 | + | |
- | NTO | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | MODIFYEXCITATION | + | |
- | UseOccRange -20 -19.5 | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | OCCUPATIONS | + | |
- | A1 5.0 // 0.5 4.0 | + | |
- | A2 0.0 // 0.0 | + | |
- | B1 1.0 // 1.0 | + | |
- | B2 2.0 // 2.0 | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | NOPRINT LOGFILE | + | |
- | + | ||
- | eor | + | |
- | </ | + | |
- | 注意确保: | + | |
- | * 虽然带了0.5电荷,但2017版中,删除了Charge的设置,程序根据电子的占据情况,自动匹配相应的charge,旧版本中可能需要设置charge 0.5; | + | |
- | * 占据方式中A1不可约表示有一个beta能级上只占据了0.5个电子; | + | |
提交任务。 | 提交任务。 | ||
行 95: | 行 33: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 最低的激发能是532.5eV,与[[http:// | + | 最低的激发能是532.6eV,与[[http:// |
+ | |||
+ | <color green> | ||
=====SOC-TDDFT方法(用于计算L边吸收)===== | =====SOC-TDDFT方法(用于计算L边吸收)===== | ||
以$TiCl_4$为例 | 以$TiCl_4$为例 | ||
行 113: | 行 53: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 类似地,ADF LOGO > Spectra可以看到吸收谱。 | + | 类似地,ADF LOGO > Spectra可以看到吸收谱。默认会显示考虑SOC以及不考虑SOC两种情况的吸收谱,View - Show Curve,只保留*.t21 with perturbation(也就是考虑SOC的结果)的勾选: |
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | <color green> | ||
=====参考材料===== | =====参考材料===== | ||
* [[https:// | * [[https:// | ||
- | * [[https:// | + | * {{ :adf: |
- | * [[https://www.jianguoyun.com/ | + | * {{ :adf: |
+ | =====文献===== | ||
+ | * G. Fronzoni, R. De Francesco, and M. Stener, L2,3 edge photoabsorption spectra of bulk V2O5: a two components relativistic time dependent density functional theory description with finite cluster model J. Chem. Phys., 137 2240308 (2012) | ||
+ | * G. Barcaro, L. Sementa, A. Fortunelli, and M. Stener, Optical Properties of Silver Nanoshells from Time-Dependent Density Functional Theory Calculations, | ||
+ | * G. Fronzoni, G. Balducci, R. De Francesco, M. Romeo, and M. Stener, Density Functional Theory Simulation of NEXAFS Spectra of Molecules Adsorbed on Surfaces: C2H4 on Si(100) Case Study J. Phys. Chem. C, 116 18910-18919 (2012). |