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adf:nci [2019/12/07 23:44] – [如何计算得到] liu.jun | adf:nci [2020/12/01 17:13] – [原理] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ======非键作用NCI: Non-Covalent Interactions====== | + | ======非共价作用NCI: Non-Covalent Interactions====== |
=====原理===== | =====原理===== | ||
RDG(Reduced Density Gradient):s = 1/ | RDG(Reduced Density Gradient):s = 1/ | ||
行 12: | 行 12: | ||
对于单个分子,密度较大的区域RDG较小,密度较小的区域RDG较大。对于二聚体,分子间有弱相互作用,在密度较小的区域,出现RDG值突然变得很小的异常位置。这些位置,实际上是由于分子间临界点(CPs,Critical Points)电子密度的湮灭所致(所以NCI一般出现在CP的位置)。这些位置就是NCI的位置。 | 对于单个分子,密度较大的区域RDG较小,密度较小的区域RDG较大。对于二聚体,分子间有弱相互作用,在密度较小的区域,出现RDG值突然变得很小的异常位置。这些位置,实际上是由于分子间临界点(CPs,Critical Points)电子密度的湮灭所致(所以NCI一般出现在CP的位置)。这些位置就是NCI的位置。 | ||
- | $∇^2ρ(r)$的符号,可用于确定作用类型,电子密度的二阶梯度有三个本征值:$λ_1$≤$λ_2$≤$λ_3$。在原子核区域三个本征值都是负值,因为电子密度处于局域极大值点;在共价键区域,有一个正本征值,两个负本征值,也就是:$λ_1$< | + | $∇^2ρ(r)$的符号,可用于确定作用类型,电子密度的二阶梯度有三个本征值:$λ_1$≤$λ_2$≤$λ_3$。在原子核区域三个本征值都是负值,因为电子密度处于局域极大值点;在共价键区域,有一个正本征值,两个负本征值,也就是:$λ_1$< |
作用的强度可以由电子密度本身来表征:NCI区域电子密度越大,表示NCI作用越强。 | 作用的强度可以由电子密度本身来表征:NCI区域电子密度越大,表示NCI作用越强。 | ||
- | =====如何计算得到===== | + | =====参数设置===== |
- | 在ADF模块的基本单点计算结果中,就可以生成NCI信息。生成方法:SCM > View > Add > Isosurface: With Phase > Select Field > Properties > NCI SCF | + | 在ADF模块的基本单点计算结果中,就可以生成NCI信息。 |
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+ | {{ : | ||
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+ | 同时计算AIM,配合NCI分析: | ||
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+ | {{ : | ||
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+ | =====结果查看===== | ||
+ | 生成方法:SCM > View > Add > Isosurface: With Phase > Select Field > Properties > NCI SCF | ||
即可看到: | 即可看到: | ||
- | {{ :adf:nci1.jpg?500 }} | + | {{ :adf:nci1.png?500 }} |
- | Properties > AIM(Bader),看到CP与NCI的关系(NCI设置为透明:窗口底部的ISO surface: With Phase > Show Details > Opacity设置为20~50之间的数值即可,数值越小越透明): | + | Properties > QTAIM(Topology),看到CP与NCI的关系(NCI设置为透明:窗口底部的ISO surface: With Phase > Show Details > Opacity设置为20~50之间的数值即可,数值越小越透明): |
- | {{ :adf:nci2.jpg?500 }} | + | {{ :adf:nci2.png?500 }} |
其中红色小球是键临界点的位置,白色小球是原子的位置。可以看到这个二聚体的氢键临界点在NCI区域内。 | 其中红色小球是键临界点的位置,白色小球是原子的位置。可以看到这个二聚体的氢键临界点在NCI区域内。 |