这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:ir [2017/05/27 10:29] – liu.jun | adf:ir [2020/11/14 19:54] – liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ====== 如何计算分子的频率、红外吸收谱、零点能、转动能级、转动惯量 ====== | + | ====== 如何计算分子的频率、红外、零点能、转动能量、转动惯量、熵、焓、热熔与Gibbs自由能====== |
- | 1,[[adf:geoopt|优化分子结构]] | + | 1,[[adf:geoopt2020|优化分子结构]] |
- | 2,导入优化好的坐标到ADFinput中: | + | 2,导入优化好的坐标到ADFinput中,并设置参数如下图 |
- | 打开优化任务的movie(在ADFjobs中选中该任务之后,点击SCM LOGO > movie;或在该优化任务的任何一个窗口点击SCM-movie),将最后一帧的收敛结构导出,可以用如下几种方式: | + | {{ : |
- | 在movie窗口,点击file > save geometry,则将该结构保存为xyz坐标格式,在计算频率的ADFinput窗口导入坐标,并设置参数如下图 | + | 关于热力学性质的计算参数如下:第一个参数为压强,第二、三个参数是关心的温度范围,例如这里希望关心298.15K、299.15K……398.15K总共101个温度的热力学性质,因此设置参数如下: |
- | {{ :adf:frequencies01.png?600 }} | + | {{ :adf:frequencies02.png?650 }} |
- | + | ||
- | 或在movie窗口,点击file > Update Geometry In Input, | + | |
3,保存、运行 | 3,保存、运行 | ||
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在该任何相关的任何窗口,或在ADFjobs中选中该任务之后,点击ADF LOGO > Spectra,即显示振动频率: | 在该任何相关的任何窗口,或在ADFjobs中选中该任务之后,点击ADF LOGO > Spectra,即显示振动频率: | ||
- | {{ :adf:frequencies02.png?600 }} | + | {{ :adf:frequencies03.png?650 }} |
- | 如果有虚频,则虚频的峰为负数,并且峰朝上,此例中没有虚频,正常的振动峰朝下。点击峰的位置,或者下方列表中计算得到的三个峰的三行,则显示该峰对应的振动模式的振动动画。 | + | 如果有虚频,则虚频的峰为负数,此例中没有虚频。点击峰的位置,或者下方列表中计算得到的三个峰的三行,则显示该峰对应的振动模式的振动动画。 |
- | 点击ADF LOGO > Output > Other Properties > Zero-Point Energy可以看到零点能。 | + | 点击SCM > Output > Other Properties > Zero-Point Energy可以看到零点能。 |
在ADF logo > Output >Other properties > Intensities Collected,可以看到文本形式的输出内容,包括强度和热力学信息: | 在ADF logo > Output >Other properties > Intensities Collected,可以看到文本形式的输出内容,包括强度和热力学信息: | ||
- | < | + | < |
- | List of All Frequencies: | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | | + | |
- | | + | |
- | + | ||
- | | + | |
- | | + | |
- | ---------- | + | |
- | | + | |
- | | + | |
- | | + | |
- | + | ||
- | + | ||
- | + | ||
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- | | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | Nr. of T-steps: | ||
- | Moments of Inertia | + | |
- | | + | Moments of Inertia |
+ | ================================================== | ||
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- | | ||
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+ | | ||
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the point group symmetry of the input geometry (C(2V)). | the point group symmetry of the input geometry (C(2V)). | ||
- | If this is not the correct symmetry, | + | If this is not the correct symmetry, |
+ | | ||
+ | of the Cartesian axes). | ||
| | ||
the vibrational sums. Their contributions, | the vibrational sums. Their contributions, | ||
行 73: | 行 60: | ||
| | ||
- | | + | |
- | Internal Energy (Kcal/ | + | Internal Energy (Kcal/ |
- | Constant Volume Heat Capacity (cal/ | + | Constant Volume Heat Capacity (cal/ |
Summary of energy terms | Summary of energy terms | ||
| | ||
-------------------- | -------------------- | ||
- | Bond Energy: | + | Bond Energy: |
- | Internal Energy: | + | Internal Energy: |
pV/n = RT: | pV/n = RT: | ||
- | Enthalpy H: -0.488330214382246 | + | Enthalpy H: -0.489029996097105 |
- | -T*S: -0.021398412274880 | + | -T*S: -0.021399475096437 |
- | Gibbs free energy: | + | Gibbs free energy: |
+ | |||
+ | |||
+ | | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | | ||
+ | Internal Energy (Kcal/ | ||
+ | Constant Volume Heat Capacity (cal/ | ||
+ | |||
+ | Summary of energy terms | ||
+ | | ||
+ | -------------------- | ||
+ | Bond Energy: | ||
+ | Internal Energy: | ||
+ | pV/n = RT: | ||
+ | Enthalpy H: | ||
+ | -T*S: | ||
+ | Gibbs free energy: | ||
- | </ | ||
- | 其中, | ||
- | * Transl,Rotat,Vibrat,Total三项列出了298.15K时,熵、内能、热容的平移、转动、振动分量与总和。 | ||
- | * Summary of energy terms,列出了内能、焓、吉布斯自由能等信息。 | ||
- | * Moments of Inertia,转动惯量I。转动能级E< | ||
+ | ………… | ||
+ | ………… | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | | ||
+ | Internal Energy (Kcal/ | ||
+ | Constant Volume Heat Capacity (cal/ | ||
+ | |||
+ | Summary of energy terms | ||
+ | | ||
+ | -------------------- | ||
+ | Bond Energy: | ||
+ | Internal Energy: | ||
+ | pV/n = RT: | ||
+ | Enthalpy H: | ||
+ | -T*S: | ||
+ | Gibbs free energy: | ||
+ | </ | ||
+ | 其中, | ||
+ | * 如同输出文件内容所说,这种计算Gibbs自由能的方式,引入了理想气体近似, | ||
+ | * Moments of Inertia,转动惯量I。转动能级E< | ||
+ | * Transl,Rotat,Vibrat,Total三项列出了各个温度时,熵、内能、热容的平移、转动、振动分量与总和。 | ||
+ | * Summary of energy terms,列出了内能、焓、Gibbs自由能等信息。 |