费米维基

用户工具

站点工具

您的足迹:
adf:fragmentanalysis

差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

到此差别页面的链接

两侧同时换到之前的修订记录前一修订版
后一修订版		前一修订版
上一修订版两侧同时换到之后的修订记录
adf:fragmentanalysis [2019/12/07 01:24] – [键能、键解离能、结合能计算] liu.junadf:fragmentanalysis [2020/11/20 21:44] – liu.jun
行 1: 行 1:
-======分子间相互作用能、分子之间相互作用能、键能、键解离能、结合能计算、键能分解EDA、片段轨道布居======+======EDA应用于分子间作用、氢键体系：作用能分解、片段轨道布居======
 使用该功能发表的代表性工作： 使用该功能发表的代表性工作：
   * [[http://www.fermitech.com.cn/adf/highlight-006|N-卤-鸟嘌呤四股结构的共振增强卤键]]   * [[http://www.fermitech.com.cn/adf/highlight-006|N-卤-鸟嘌呤四股结构的共振增强卤键]]
行 12: 行 12:
 片段是一个比较广义的概念，可以是分子的部分和部分之间相互作用，也可以是分子和分子之间的相互作用，方法原理都是一样。如果是分子内部一个区域与另一个区域相互作用，那么将这两个区域当成两个片段即可，如果是分子和分子间相互作用，那么将每个分子当成一个片段就可以了。如果要考虑相对论的片段分析，那么设置参数的时候，勾选 Main > Relativity > Scalar就可以了，目前ADF不支持Spin－Orbit的片段功能。 片段是一个比较广义的概念，可以是分子的部分和部分之间相互作用，也可以是分子和分子之间的相互作用，方法原理都是一样。如果是分子内部一个区域与另一个区域相互作用，那么将这两个区域当成两个片段即可，如果是分子和分子间相互作用，那么将每个分子当成一个片段就可以了。如果要考虑相对论的片段分析，那么设置参数的时候，勾选 Main > Relativity > Scalar就可以了，目前ADF不支持Spin－Orbit的片段功能。
  
-下面以分子内部区域与区域之间的相互作用为例子，来演示计算的过程。+下面以分子内部区域与区域之间的相互作用为例子，来演示计算的过程。使用AMS2019.03完成计算。
  
-1，创建分子（具体创建过程，可以参考：[[adf:1000atomsball]]、[[https://www.jianguoyun.com/p/Dfq5zjUQmZ2ZBhjprSc|建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频）]]）：+1，建模的操作，参考：[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]]：
  
-首先应该进行结构优化，之后才进行片段分析。结构优化如何使用？请参考：[[adf:geoopt|]]、[[adf:geooptforbigsystem]]+首先应该进行结构优化，之后才进行片段分析。结构优化如何使用？请参考：[[adf:geoopt2019|]]、[[adf:geooptforbigsystem2019]]
  
 假定已经优化完成，如下演示的是片段分析的参数设置： 假定已经优化完成，如下演示的是片段分析的参数设置：
行 58: 行 58:
  
 ====片段轨道布居==== ====片段轨道布居====
-SCM LOGO > Output > Properties > %SFO per orbital，会显示类似如下内容： 
-<code bash> 
  
 +SCM LOGO > Output > Properties > %SFO per orbital，会显示类似如下内容：
 +<code>
                                        === AA ===                                        === AA ===
  
  
- SFO contributions (%) per orbital+SFO contributions (%) per orbital
  (multiplication by the orbital occupation yields the SFO Gross Populations)  (multiplication by the orbital occupation yields the SFO Gross Populations)
  
- Orb.:       24     25     26     27     28     29     30     31     32     33     34     35     36     37+ Orb.:       28     29     30     31     32     33     34     35     36     37     38     39     40     41
  occup:     2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   0.00   0.00   0.00   0.00  occup:     2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   2.00   0.00   0.00   0.00   0.00
  CF+SFO     ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----  CF+SFO     ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----   ----
  ------  ------
-     12:    0.00   0.00   0.00   2.64   2.64   0.00   3.12   3.16  -0.00   0.00   0.00  -0.00  -0.11  -0.11 +     30:    0.01   1.34   0.00   0.40   0.02   0.00   0.05   0.13   0.29   0.07   0.00   0.00   0.00   0.01 
-     18:    0.00   0.00   0.00   2.64   2.64   0.00   3.16   3.12   0.00   0.00   0.00  -0.00  -0.11  -0.11 +     33:    0.31   3.25   0.01   0.22   0.08   0.00   0.06   0.08   0.06   0.02   0.00   0.00   0.00   0.00 
-     22:    3.79   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00  86.64   0.00   0.00   0.00   0.00 +     34:    0.00  11.58   0.33   2.55   0.01   0.01   0.00   0.14   0.15   0.13   0.00   0.00   0.00   0.00 
-     23:   -0.14   0.00  -0.00  -0.00  -0.00   0.00   0.00  -0.00   0.00   1.50  -0.00  -0.00   0.00   0.00 +     35:    5.48   0.91  81.44   9.52   0.65   0.04   0.16   0.02   0.09   0.02   0.00   0.00   0.00   0.00 
-     25:    0.00  19.50   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00  72.32   0.00  -0.00   5.10   0.00   0.00 +     36:    0.00   0.10   0.03   0.03   0.21  93.18   5.39   0.29   0.17   0.07   0.00   0.00   0.00   0.00 
-     26:    0.00  -0.59  -0.00  -0.00  -0.00  -0.00  -0.00  -0.00   1.24   0.00   0.00   5.74   0.00   0.00 +     37:    0.01   0.28   0.11   0.25   0.70   2.87  54.47  27.53   4.35   5.78  -0.01   0.00   0.03  -0.01 
-     28:    0.00   0.00  40.15   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00   0.00  38.93   0.00   0.00   0.00 +     38:    0.02   0.29   0.07   0.22   0.55   0.61   8.62   0.20   3.74  81.10  -0.01   0.00   0.05  -0.01 
-     29:   -0.00  -0.00  -0.74  -0.00  -0.00   0.00   0.00  -0.00   0.00  -0.00   9.16   0.00   0.00   0.00 +     39:    0.00   0.07   0.00   0.00   0.00   0.00   0.01   0.06   0.06   0.06   0.24  83.34   0.90   8.57 
-     38:   12.60   0.00   4.13   3.85   0.00   0.00   1.01   0.00   0.00   0.01   0.25   0.00   0.07   0.00 +     40:    0.00   0.16   0.00   0.01   0.00   0.00   0.02   0.12   0.13   0.16   0.09  16.04   8.82  53.46 
-     39:   11.14   0.00  10.10  13.19   0.00   0.00  25.43   0.00   0.00   1.81  11.80   0.00   1.82   0.00 +     41:   -0.01   0.03   0.00   0.00   0.00   0.00   0.02   0.03   0.00   0.01   0.09   0.03   0.11   2.80 
-     40:    0.20   0.00   0.04   0.05   0.00   0.00  -0.01  -0.00   0.00   0.40   1.00   0.00   0.02   0.00 +     43:   -0.02   0.16   0.00   0.07  -0.01   0.00   0.00   0.02   0.15   0.10   0.03   0.12  -0.09  10.63 
-     53:    0.00  19.43   0.00   0.00  29.82  24.64   0.00  19.17   5.35   0.00   0.00   0.20   0.00   0.02 +    175:    0.03   0.00   0.77   0.22   0.01   0.58   1.21   0.38   0.00   0.62  -0.01   0.00   0.00   0.00 
-     54:    0.00   0.99   0.00   0.00   0.69   0.09   0.00   0.65   1.04   0.00   0.00  22.13   0.00  46.41 +    177:   93.46   0.21   4.97   1.09   0.01   0.00   0.01   0.00   0.00   0.02   0.00   0.00   0.00   0.00 
-     66:   12.60   0.00   4.13   3.85   0.00   0.00   1.01   0.00   0.00   0.01   0.25   0.00   0.07   0.00 +    178:    0.34  79.99   0.90   0.22   0.52   0.18   0.32   0.00   0.01   0.04   0.00   0.00   0.01   0.01 
-     67:   11.14   0.00  10.10  13.19   0.00   0.00  25.43   0.00   0.00   1.81  11.80   0.00   1.82   0.00 +    179:    0.08   0.00  10.67  83.62   0.56   0.12   0.18   0.18   0.06   0.20   0.00   0.00   0.00   0.01 
-     68:    0.20   0.00   0.04   0.05   0.00   0.00  -0.01  -0.00   0.00   0.40   1.00   0.00   0.02   0.00 +    180:    0.02   0.16   0.29   1.03  96.42   0.43   0.56   0.11   0.00   0.18   0.00   0.00   0.00   0.00 
-     81:    0.00  19.43   0.00   0.00  29.82  24.64   0.00  19.17   5.35   0.00   0.00   0.20   0.00   0.02 +    181:    0.01   0.02   0.13   0.03   0.00   0.20  19.59  66.40  11.29   1.25  -0.01   0.00   0.01   0.00 
-     82:    0.00   0.99   0.00   0.00   0.69   0.09   0.00   0.65   1.04   0.00   0.00  22.13   0.00  46.41 +    182:    0.01   0.07   0.03  -0.01   0.00   0.76   6.94   2.60  78.53   7.86   0.00   0.00   0.01   0.03 
-     94:   12.60   0.00   4.13   0.00   3.85   0.00   0.00   1.01   0.00   0.01   0.25   0.00   0.00   0.07 +    183:    0.00   0.00   0.00   0.01   0.00   0.02   0.03   0.05   0.00   0.09  93.75   0.04   0.32   0.13 
-     95:   11.14   0.00  10.10   0.00  13.19   0.00   0.00  25.43   0.00   1.81  11.80   0.00   0.00   1.82 +    184:    0.02   0.00   0.00   0.08   0.00   0.18   0.31   0.45   0.01   0.64   4.40   0.03  29.87  15.14 
-     96:    0.20   0.00   0.04   0.00   0.05   0.00  -0.00  -0.01  -0.00   0.40   1.00   0.00   0.00   0.02 +    185:    0.01   0.00  -0.02   0.03   0.00   0.05   0.02   0.15   0.01   0.24   0.73   0.29  59.33   0.23 
-    109:    0.00  19.43   0.00  29.82   0.00  24.64  19.17   0.00   5.35   0.00   0.00   0.20   0.02   0.00 +    186:    0.00   0.00   0.00   0.01   0.00   0.05   0.10   0.07   0.00   0.11   0.05   0.00   0.32   7.04
-    110:    0.00   0.99   0.00   0.69   0.00   0.09   0.65   0.00   1.04   0.00   0.00  22.13  46.41   0.00 +
-    122:   12.60   0.00   4.13   0.00   3.85   0.00   0.00   1.01   0.00   0.01   0.25   0.00   0.00   0.07 +
-    123:   11.14   0.00  10.10   0.00  13.19   0.00   0.00  25.43   0.00   1.81  11.80   0.00   0.00   1.82 +
-    124:    0.20   0.00   0.04   0.00   0.05   0.00  -0.00  -0.01   0.00   0.40   1.00   0.00   0.00   0.02 +
-    137:    0.00  19.43   0.00  29.82   0.00  24.64  19.17   0.00   5.35   0.00   0.00   0.20   0.02   0.00 +
-    138:    0.00   0.99   0.00   0.69   0.00   0.09   0.65   0.00   1.04   0.00   0.00  22.13  46.41   0.00 +
- +
  Summation over all MOs, multiplied by occupation: Total SFO Gross Populations in this Irrep  Summation over all MOs, multiplied by occupation: Total SFO Gross Populations in this Irrep
  ===========================================================================================  ===========================================================================================
  
-     2.00    2.00    2.00    0.01    0.03    0.00    0.00   -0.00    0.00    2.00    2.00    0.33 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     0.01    0.00    0.00    2.00    2.00    0.33    0.01    0.00    0.00    1.92    0.02   -0.00 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    2.00    1.99    2.00    2.00    1.99 
-     1.84    0.01    0.00    1.08   -0.03   -0.00    0.00    0.00    0.01    0.01    2.00    2.00 +     2.00    1.99    2.00    2.00    2.00    1.99    2.00    2.00    2.00    2.00    2.00    2.00 
-     1.99    1.99    1.51    0.02    0.03    0.01    0.01   -0.00    0.00    0.00   -0.00   -0.00 +     1.97    1.95    0.01    0.02    0.00    0.01    0.02    0.00    0.00    0.00    0.00    0.01 
-     0.00    0.00   -0.00   -0.00    1.98    0.08   -0.01   -0.00    0.00   -0.00    0.00    0.00 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     0.00    0.00    2.00    2.00    1.99    1.99    1.51    0.02    0.03    0.01    0.01   -0.00 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     0.00    0.00   -0.00   -0.00    0.00    0.00   -0.00   -0.00    1.98    0.08   -0.01   -0.00 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     0.00   -0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    2.00    2.00    1.99    1.99    1.51    0.02 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     0.03    0.01    0.01   -0.00    0.00    0.00   -0.00   -0.00    0.00    0.00   -0.00   -0.00 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     1.98    0.08   -0.01   -0.00    0.00   -0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    2.00    2.00 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     1.99    1.99    1.51    0.02    0.03    0.01    0.01   -0.00    0.00    0.00   -0.00   -0.00 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
-     0.00    0.00   -0.00   -0.00    1.98    0.08   -0.01   -0.00    0.00   -0.00    0.00    0.00+     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    1.99    1.98    2.00    2.00 
 +     2.00    2.00    1.99    2.00    2.00    2.00    1.99    1.99    2.00    2.00    1.99    2.00 
 +     1.99    1.96    0.01    0.05    0.02    0.01    0.00    0.01    0.00    0.01    0.01    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.01    0.00    0.00    0.01    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 +     0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00    0.00 
 </code> </code>
  
-此处显示的是AA不可约表示的MO的组分，以及SFO布居情况（Total SFO Gross Populations in this Irrep）。例如第4个片段轨道（也就是第4个SFO，也就是第一行第4个数字：0.01），占据了0.01个电子；第5、6个分别是0.03、0.00。+注意， 
 +  * 如果体系有对称性，则该数据是按照不可约表示分别列出的。不可约表示的通俗理解，参考：[[adf:symmetryandrepresentation]] 
 +  * SFO contributions (%) per orbital显示的是整个二聚体的分子轨道（也就是 Orb.那一行，其数字是轨道的序号， occup是该轨道的电子占据数）与碎片轨道之间的组合关系 
 +  * Total SFO Gross Populations in this Irrep显示的是，每个碎片轨道上，分布了多少个电子，这里面可以看到存在微弱的电子转移，例如第24号SFO失去了0.01电子，因此只有1.99电子了。最前面的19个轨道是冻芯轨道，没有列出电子占据数，显示为0。
  
-那么第4、5、6SFO分别是什么？ +24SFO是哪个轨道呢？可以查询。点击Properties > SFO construction，看到AA不可约表示中的SFO列表（同样地，需要看对应的不可约表示，例如这里需要看AA）： 
- +<code>
-可以查询。点击Properties > SFO construction，看到AA不可约表示中的SFO列表： +
-<code bash>+
  
                                        === AA ===                                        === AA ===
- Nr. of SFOs :  146 + Nr. of SFOs :  279 
- Cartesian basis functions that participate in this irrep (total number =   159) : + Cartesian basis functions that participate in this irrep (total number =   323) : 
-      1     2     3     4    11    12    40    41    42     5 +      1    20    39    58    77    96   115   134   153   172 
-      6     8     9    13    14    16    17    19    20    43 +    221   240   259   278   297   316   335   354   373     2 
-     44    27    33    39    22    23    25    28    29    31 +      3     4     5     6     8     9    11    12    19    14 
-     34    35    37    51    54    46    47    49    52    56 +     15    17    21    22    23    24    25    27    28    30 
-     57    58    59    60    61    62    64    65    67    68 +     31    38    33    34    36    40    41    42    43    44 
-     75    70    71    73    76    77    78    79    80    81 +     46    47    49    50    57    52    53    55    59    60 
-     82    84    85    87    88    95    90    91    93    96 +     61    62    63    65    66    68    69    76    71    72 
-     97    98    99   100   101   102   104   105   107   108 +     74    78    79    80    81    82    84    85    87    88 
-    115   110   111   113   116   117   118   119   120   121 +     95    90    91    93    97    98    99   100   101   103 
-    122   124   125   127   128   135   130   131   133   136 +    104   106   107   114   109   110   112   116   117   118 
-    137   138   139   140   141   142   144   145   147   148 +    119   120   122   123   125   126   133   128   129   131 
-    155   150   151   153   156   157   158   159   160   161 +    135   136   137   138   139   141   142   144   145   152 
-    162   164   165   167   168   175   170   171   173   176 +    147   148   150   154   155   156   157   158   160   161 
-    177   178   179   180   181   182   184   185   187   188 +    163   164   171   166   167   169   173   174   175   176 
-    195   190   191   193   196   197   198   199   200   201 +    177   179   180   182   183   190   185   186   188   191 
-    202   204   205   207   208   215   210   211   213+    192   193   194   195   197   198   199   200   201   203 
 +    204   205   206   207   209   210   211   212   213   215 
 +    216   217   218   219   222   223   224   225   226   228 
 +    229   231   232   239   234   235   237   241   242   243 
 +    244   245   247   248   250   251   258   253   254   256 
 +    260   261   262   263   264   266   267   269   270   277 
 +    272   273   275   279   280   281   282   283   285   286 
 +    288   289   296   291   292   294   298   299   300   301 
 +    302   304   305   307   308   315   310   311   313   317 
 +    318   319   320   321   323   324   326   327   334   329 
 +    330   332   336   337   338   339   340   342   343   345 
 +    346   353   348   349   351   355   356   357   358   359 
 +    361   362   364   365   372   367   368   370   374   375 
 +    376   377   378   380   381   383   384   391   386   387 
 +    389   392   393   394   395   396   398   399   400   401 
 +    402   404   405   406   407   408   410   422   411   423 
 +    412   424   415   427   413   414   425   426   416   417 
 +    418   419   420
  
     SFO  (index         Fragment          Generating    Expansion in Fragment Orbitals     SFO  (index         Fragment          Generating    Expansion in Fragment Orbitals
   indx  incl.CFs)   Occup   Orb.Energy   FragmentType  Coeff.   Orbital     on Fragment   indx  incl.CFs)   Occup   Orb.Energy   FragmentType  Coeff.   Orbital     on Fragment
  --------------------------------------------------------------------------------------  --------------------------------------------------------------------------------------
-     1       1      2.000    -299.542 au  Ni            1.00      1 S               1 +     1      20      2.000      -0.960 au  Region_1      1.00      1 AA              1 
-                        (   -8150.961 eV) +                        (     -26.120 eV) 
-     2       2      2.000     -35.461 au  Ni            1.00      2 S               1 +     2      21      2.000      -0.902 au  Region_1      1.00      2 AA              1 
-                        (    -964.940 eV) +                        (     -24.534 eV) 
-     3       3      2.000      -3.742 au  Ni            1.00      3 S               1 +     3      22      2.000      -0.865 au  Region_1      1.00      3 AA              1 
-                        (    -101.818 eV) +                        (     -23.545 eV) 
-     4       4       --        -0.068 au  Ni            1.00      4 S               1 +     4      23      2.000      -0.820 au  Region_1      1.00      4 AA              1 
-                        (      -1.859 eV) +                        (     -22.309 eV) 
-     5       5       --         0.131 au  Ni            1.00      5 S               1 +     5      24      2.000      -0.786 au  Region_1      1.00      5 AA              1 
-                        (       3.557 eV) +                        (     -21.386 eV) 
-     6       6       --         0.882 au  Ni            1.00      6 S               1 +     6      25      2.000      -0.702 au  Region_1      1.00      6 AA              1 
-                        (      23.994 eV) +                        (     -19.099 eV) 
-     7       7       --         5.326 au  Ni            1.00      7 S               1 +     7      26      2.000      -0.613 au  Region_1      1.00      7 AA              1 
-                        (     144.926 eV) +                        (     -16.688 eV) 
-     8       8       --        35.620 au  Ni            1.00      8 S               1+     8      27      2.000      -0.596 au  Region_1      1.00      8 AA              1
 </code> </code>
-在(index  incl.CFs)这一列可以看到，实际上AA不可约表示的SFO 4、5、6分别是片段Ni的4S、5S、6S轨道，该片段轨道能级分别为-1.859 eV、3.557 eV、3.994 eV。我们在ADFjobs窗口，也可以选中Ni片段的计算任务，然后点击SCM LOGO > level从而可以显示Ni片段的能级和上述数据是同一个东西，可以在level图里面打开这些对应的轨道空间分布图（选中该能级后，右键点击该能级，选择第一项——该能级的编号，例如4AA，则自动显示该能级的轨道图），实际上就是孤立的Ni片段进行计算得到的能级。 +可以看到，24 SFO实际上就是Region_1的5 AA轨道，在Region_1碎片单独存在的时候，能级为-0.786 au = -21.386 eV
 ====注意==== ====注意====
-实际上，本例是一个较为复杂的体系，复杂之处，在于其中的Ni片段是开壳层的。本例中，没有对各个片段进行单独指定其电子占据方式。实际计算过程中，如果某个片段是开壳层的，或者非满占据的，片段计算完毕之后，都要检查片段的占据方式是不是正确。请参考[[adf:openshellfragmentanalysis]] 
  
 其他详细的功能，参考：[[adf:hbondanalysis|]] 其他详细的功能，参考：[[adf:hbondanalysis|]]

页面工具

© 2014-2022 费米科技（京ICP备14023855号）