adf:fbmc2020
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:fbmc2020 [2020/11/28 10:08] – liu.jun | adf:fbmc2020 [2021/07/04 00:26] – liu.jun | ||
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| ======ReaxFF-fbMC：加速分子动力学模拟中反应发生====== | ======ReaxFF-fbMC：加速分子动力学模拟中反应发生====== | ||
| - | 由于更换驱动，ReaxFF模块的fbMC暂时还没有加入到新驱动中，需要使用AMS2019。AMS2020的license.txt兼容旧版AMS。教程参考：[[adf:MDMC]] | + | AMS2021中，恢复了AMS2019中的fbMC功能，本例以石墨烯的自我修复为例，演示fbMC的使用。fbMC本身是基于常规分子动力学模拟的，是在常规分子动力学模拟（常见的例如ReaxFF的MD，不常见的DFT的MD、DFTB-MD、MOPAC-MD）中，插入一些蒙特卡洛。这些插入的蒙特卡洛模拟步中，原子将会根据蒙特卡洛的规律，在一定的限制条件下（详见下文），呈现新的随机结构。 |
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| + | 本文以ReaxFF-MD为例进行说明，其他MD加入fbMC操作方式完全一致。 | ||
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| + | ======基本分子动力学参数设置====== | ||
| + | 设置力场： | ||
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| + | 设置模拟步数、保存轨迹的频率（默认每100步保存1次轨迹），并设定体系重心不移动 | ||
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| + | 设定系综：算法、温度、damping时长： | ||
| + | {{ : | ||
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| + | =====fbMC的设置===== | ||
| + | Model - force bias MC(fbMC): | ||
| + | {{ : | ||
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| + | 其中， | ||
| + | * start step，何时开启fbMC | ||
| + | * stop step，何时终止fbMC | ||
| + | * frequencies，每做多少步MD，做一次fbMC | ||
| + | * number of steps，一次MC做多少步 | ||
| + | * step length，fbMC过程中原子最大位移量 | ||
| + | * Temperature，fbMC的温度，建议与MD的温度一致 | ||
| + | |||
| + | =====结果查看===== | ||
| + | 与一般的ReaxFF分子动力学分析没有差别，SCM - Movie： | ||
| + | {{ :adf:fbmc202105.png? | ||
adf/fbmc2020.txt · 最后更改: 2021/12/21 18:33 由 liu.jun