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adf:ets-nocv-hcn

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后一修订版		前一修订版
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adf:ets-nocv-hcn [2016/05/26 23:18] – liu.junadf:ets-nocv-hcn [2019/12/18 22:38] – liu.jun
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-======中性片段的ETS－NOCV计算:以H-CN为例======+======ETS-NOCV计算：H-CN拆分为H、CN中性片段======
  
 **1，优化反应物** **1，优化反应物**
  
-创建分子、优化分子结构，从而得到H-CN的结构。如何建模、优化具体参考： +创建分子、优化分子结构，从而得到H-CN的结构。建模的操作，参考：[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]]
-  * [[http://pan.baidu.com/s/1c0jSBIC|建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频下载）]] +
-  * [[adf:1000atomsball]] +
-  * [[adf:geoopt]] +
-  * [[adf:geooptforbigsystem]] +
-  * [[adf:parameters]] +
-  * [[adf:结构优化不收敛]]+
  
-[[http://pan.baidu.com/s/1ceDST4|对应的文件下载（点击）]]。各个文件的含义，参考： +优化分子参考：[[adf:geoopt]]
-  * [[adf:adffiles]]+
  
 **2，对优化好的结构，提取出来，进行片段分析的计算：** **2，对优化好的结构，提取出来，进行片段分析的计算：**
行 20: 行 13:
  
 {{:adf:etsnocvp09.png|}} {{:adf:etsnocvp09.png|}}
 +
 +ADF2017去掉了上图中Fragment Analysis这个选项，实际上这个选项的作用仅仅是自动勾选ADFinput > Multilevel > Fragment > Use fragment而已，因此此处勾选Single Point，手动勾选ADFinput > Multilevel > Fragment > Use fragment也一样。
  
 创建片段，具体过程可以参考[[adf:creatregion]]，创建成功后，如下图所示： 创建片段，具体过程可以参考[[adf:creatregion]]，创建成功后，如下图所示：
行 71: 行 66:
 在ADFjobs窗口选中ETS_NOCV_HCN，之后点击Jobs > Run提交任务;或在ETS_NOCV_HCN的ADFinput窗口，直接点击File > Run即可提交任务。任务启动后，软件会自动分别启动片段的计算，并读取片段的计算结果，进行ETS-NOCV的片段分析计算。 在ADFjobs窗口选中ETS_NOCV_HCN，之后点击Jobs > Run提交任务;或在ETS_NOCV_HCN的ADFinput窗口，直接点击File > Run即可提交任务。任务启动后，软件会自动分别启动片段的计算，并读取片段的计算结果，进行ETS-NOCV的片段分析计算。
  
-[[http://pan.baidu.com/s/1qYH0YW8|计算文件下载（点击）]]+计算的过程中，片段的计算会有如下Warning出现在日志文件里面： 
 + 
 +{{ :adf:e8e2ea92-15aa-4217-95d5-8a2937394a33.png?600 |}} 
 + 
 +这是在提醒用户，当前使用了Restricted方法处理开壳层体系——而这本身正是我们希望的，所以这个Warning在本例中可以忽略。 
 + 
 +{{ :adf:ets_nocv_hcn.zip |计算文件下载（点击）}}
  
 **3，结果查看与分析** **3，结果查看与分析**
  
-查看结果的操作，参考：[[adf:结果文件查看]]+查看结果的操作，参考：[[adf:showresult]]
  
 这样得到了文献中Table 1中，H－CN（I－S）一列（也就是反应物的ETS－NOCV的能量数据），Radical fragments一栏的数据： 这样得到了文献中Table 1中，H－CN（I－S）一列（也就是反应物的ETS－NOCV的能量数据），Radical fragments一栏的数据：
行 119: 行 120:
   - beta，本征值ν<sub>1</sub>=-0.32632和0.32632   - beta，本征值ν<sub>1</sub>=-0.32632和0.32632
  
-如上图所示，我们计算的到的ΔE<sub>orb</sub>（1）＝-162.20147  (kcal/mol)+<color blue>如上图所示，我们计算的到的ΔE<sub>orb</sub>（1）＝-162.20147  (kcal/mol)，所有ΔE<sub>orb</sub>（i）加起来，就是前面做能量分解里面得到的Total Orbital Interaction。</color>
  
-那么我们查看第1对NOCV对片段结合成为分子，引起的电子密度形变的贡献：+**那么接下来我们查看第1对NOCV对片段结合成为分子，引起的电子密度形变的贡献：**
  
 为了使得显示的图更圆润，我们先设置一下图像质量：SCM Logo > Preference > Module > ADFview > Grid > Fine。 为了使得显示的图更圆润，我们先设置一下图像质量：SCM Logo > Preference > Module > ADFview > Grid > Fine。
行 142: 行 143:
 **其次，查看形变密度Δρ<sub>1</sub>（红色区域表示电子流出，蓝色表示电子流入该区域）** **其次，查看形变密度Δρ<sub>1</sub>（红色区域表示电子流出，蓝色表示电子流入该区域）**
  
-Add > Isosurface: Double(+/-)，之后在下方Select Field选择Other...> C-1。如此图中即显示Δρ<sub>1</sub>。调整等值面的值为0.001，并点击Isosurface: Double > Show Details > Opacity改为10，并勾选Isosurface: Double 左边的框☑️，如此则得到图示：+Add > Isosurface: With Phase，之后在下方Select Field选择Other...> C-1。如此图中即显示Δρ<sub>1</sub>。调整等值面的值为0.001，并点击Isosurface: With Phase > Show Details > Opacity改为10，并勾选Isosurface: With Phase 左边的框√，如此则得到图示：
  
 {{ :adf:etsnocvp22.png?600 |}} {{ :adf:etsnocvp22.png?600 |}}
行 149: 行 150:
  
 {{ :adf:etsnocvp23.png?400 |}} {{ :adf:etsnocvp23.png?400 |}}
 +
 +<color blue>NOCV orbital、NOCV density、NOCV Def(ference) density的化学直观含义，参考：[[adf:theoryofets-nocv]]</color>

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