两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 |
adf:ets-nocv-cycloaddition [2017/01/15 21:29] – liu.jun | adf:ets-nocv-cycloaddition [2020/11/23 12:57] – liu.jun |
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**1,优化反应物** | **1,优化反应物** |
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创建分子、优化分子结构,从而得到H-CN的结构。如何建模、优化具体参考: | 建模的操作,参考:[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]]。 |
* [[http://pan.baidu.com/s/1c0jSBIC|建模:ADF模块分子的基本建模功能演示(视频下载)]] | |
* [[adf:1000atomsball]] | |
* [[adf:geoopt]] | |
* [[adf:geooptforbigsystem]] | |
* [[adf:parameters]] | |
* [[adf:结构优化不收敛]] | |
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[[https://www.jianguoyun.com/p/DdMqr4kQmZ2ZBhiI-CQ|对应的文件下载(点击)]]。 | 优化分子结构参考:[[adf:geoopt2019]] |
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各个文件的含义,参考: | |
* [[adf:adffiles]] | |
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**2,对优化好的结构,提取出来,进行片段分析的计算([[https://www.jianguoyun.com/p/DZpfglYQmZ2ZBhiJ-CQ|计算文件下载]]):** | **2,对优化好的结构,提取出来,进行片段分析的计算:{{ :adf:cyclohexene-ets-nocv.zip |计算文件下载}}** |
* [[adf:updategeotry]] | * [[adf:updategeotry]] |
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参数设置如下(基组、泛函等参数选择可以参考:[[adf:parameters]]): | 参数设置如下(基组、泛函等参数选择可以参考:[[adf:parameters2019]]): |
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{{ :adf:etsnocvp30.png?600 |}} | {{ :adf:etsnocvp30.png?600 |}} |
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| 任务类型,在旧版本里面有Fragment Analysis,在新版里面去掉了这个选项,因为这个选项实际上和Single Point是一样的。 |
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{{ :adf:etsnocvp31.png?600 |}} | {{ :adf:etsnocvp31.png?600 |}} |
**3,结果查看与分析** | **3,结果查看与分析** |
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查看结果的操作,参考:[[adf:结果文件查看]] | 查看结果的操作,参考:[[adf:showresults]] |
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这样得到了文献中Table 2中对应的数据: | 这样得到了文献中Table 2中对应的数据: |
**其次,查看形变密度Δρ<sub>1</sub>(红色区域表示电子流出,蓝色表示电子流入该区域)** | **其次,查看形变密度Δρ<sub>1</sub>(红色区域表示电子流出,蓝色表示电子流入该区域)** |
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Add > Isosurface: Double(+/-),之后在下方Select Field选择Other...> C-1。如此图中即显示Δρ<sub>1</sub>。调整等值面的值为0.005,并点击Isosurface: Double > Show Details > Opacity改为10,并勾选Isosurface: Double 左边的框☑️,如此则得到图示: | Add > Isosurface: With Phase,之后在下方Select Field选择Other...> C-1。如此图中即显示Δρ<sub>1</sub>。调整等值面的值为0.005,并点击Isosurface: With Phase > Show Details > Opacity改为10,并勾选Isosurface: With Phase 左边的框√,如此则得到图示: |
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{{ :adf:etsnocvp46.png?700 |}} | {{ :adf:etsnocvp46.png?700 |}} |
**其次,查看形变密度Δρ<sub>2</sub>(红色区域表示电子流出,蓝色表示电子流入该区域)** | **其次,查看形变密度Δρ<sub>2</sub>(红色区域表示电子流出,蓝色表示电子流入该区域)** |
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Add > Isosurface: Double(+/-),之后在下方Select Field选择Other...> C-2。如此图中即显示Δρ<sub>2</sub>。调整等值面的值为0.005,并点击Isosurface: Double > Show Details > Opacity改为10,并勾选Isosurface: Double 左边的框☑️,同时去掉C-1的勾选,如此则得到图示: | Add > Isosurface: With Phase,之后在下方Select Field选择Other...> C-2。如此图中即显示Δρ<sub>2</sub>。调整等值面的值为0.005,并点击Isosurface: With Phase > Show Details > Opacity改为10,并勾选Isosurface: With Phase 左边的框√,同时去掉C-1的勾选,如此则得到图示: |
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{{ :adf:etsnocvp49.png?500 |}} | {{ :adf:etsnocvp49.png?500 |}} |
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我们计算得到的该值为:-183.49762 (kcal/mol) | 我们计算得到的该值为:-183.49762 (kcal/mol) |
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| <color blue>NOCV orbital、NOCV density、NOCV Def(ference) density的化学直观含义,参考:[[adf:theoryofets-nocv]]</color> |