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两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:dftmd-band [2020/11/30 16:53] – liu.jun | adf:dftmd-band [2024/05/09 08:32] – liu.jun | ||
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- | ======如何进行基于DFT的周期性边界分子动力学模拟====== | + | ======AIMD教程====== |
ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能(目前正在不断完善中,有兴趣的用户可以尝试使用): | ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能(目前正在不断完善中,有兴趣的用户可以尝试使用): | ||
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+ | MD模拟,一般容易出现远离平衡结构的一些构型,从而导致SCF难以收敛,因此需要降低收敛条件: | ||
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+ | 这里设置了电子温度为0.2eV,因此电子能级出现偶然简并的情况,也能够正确收敛。注意电子温度与实际温度,在定义上导致了二者没有直接关系。Criterion是SCF收敛标准,虽然这个值会自动根据Numerical Quality以及体系的大小自动调整,但我们还是可以人为的增大这个值,降低收敛的标准,例如0.00005,体系越大,这个值也可以设置的越大。这两个值设置的越大,SCF收敛越快,MD也就越快,也会降低精度。 | ||
Model > MD设置分子动力学参数,Number of steps是模拟的步数,步长一般0.25fs是比较合适的,所以这个例子里面模拟了2.5ps。Sample Frequency:10是指每10步保存一次原子运动轨迹。 | Model > MD设置分子动力学参数,Number of steps是模拟的步数,步长一般0.25fs是比较合适的,所以这个例子里面模拟了2.5ps。Sample Frequency:10是指每10步保存一次原子运动轨迹。 | ||
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结果查看: | 结果查看: | ||
- | 轨迹保存在*results/ | + | 轨迹保存在*results/ |
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+ | 如果使用AMS2024及其以上版本,在Movie → MD Properties → ChemTraYzer2中,可以分析MD过程中产生的基元反应数量、种类、反应速率常数,并分析各种物质作为反应物、产物的真实性。具体参考:https:// |