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adf:dftmd-adf2020 [2020/11/25 11:20] – [无周期性约束的DFT分子动力学模拟:分子数量变化曲线、自动单步反应分析] liu.jun | adf:dftmd-adf2020 [2020/11/25 11:32] (当前版本) – [无周期性约束的DFT分子动力学模拟:分子数量变化曲线、自动单步反应分析] liu.jun | ||
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* Sample Frequency,设定轨迹文件的采样频率,这里设置为10,表示每10步,记录一次轨迹,这是为了快速看到动画,所以设置的很小,真正的实际模拟,设置为50或100就可以了 | * Sample Frequency,设定轨迹文件的采样频率,这里设置为10,表示每10步,记录一次轨迹,这是为了快速看到动画,所以设置的很小,真正的实际模拟,设置为50或100就可以了 | ||
* 如果系综是NVT系综,则点击Thermostat后面的> | * 如果系综是NVT系综,则点击Thermostat后面的> | ||
+ | 点击Thermostat后面的> | ||
+ | NPT系综,一般建议在原子个数非常多,例如几万原子的情况下才使用。否则压强涨落太剧烈,可以达到几千MPa,原子个数越多,涨落越小,这本身也是符合物理事实的。 | ||
===NVT系综的设置=== | ===NVT系综的设置=== | ||
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只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间(在达到指定温度前,温度随机震荡),一般默认设置100fs,也可以降低为5fs,对结果影响不大。 | 只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间(在达到指定温度前,温度随机震荡),一般默认设置100fs,也可以降低为5fs,对结果影响不大。 | ||
- | 温度如果只设置了一个,则不需要设置Duration(s),整个模拟过程都是该温度;如果需要改变温度,则如上图所示设置多个温度即可,配合Duration(s)的设置,可以实现控温。例如图中所示表示:起始温度298K,在随后的5000步中逐渐升温到348K,然后第5001步从348K经历25000步,回到298K,此时总共已经经历了5000+25000=30000步,从现在直到结束都是298K。 | + | **恒温:**温度如果只设置了一个,则不需要设置Duration(s),整个模拟过程都是该温度 |
- | 总之,Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如果有保温过程,可以设置如下:温度设置为298 4000 4000 298,Durations设置为5000 30000 5000,表示298~4000升温过程经历5000步,4000K保温30000步,然后4000~298降温过程经历5000步,最后保持在298K直到结束。 | + | **包含保温过程:**总之,Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如上图所示的设置,表示:起始温度298K,经历3000步升温到1300K,然后保温3000步,然后经历3000步升温到4300K,然后保温20000步,然后经历3000步降温到298K,298K直到结束。 |
===NPT系综的设置=== | ===NPT系综的设置=== | ||
- | 设置与NVT类似。 | + | 在Thermostat设置的基础上增加Barostat的设置,压强的设置方式类似温度。 |
=====结果分析===== | =====结果分析===== |