adf:cvhd
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:cvhd [2021/12/22 10:15] – [注意：] liu.jun | adf:cvhd [2021/12/24 13:50] – [适用范围] liu.jun | ||
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| 行 50: | 行 50: | ||
| =====HyperDynamics与MetaDynamic的差别与联系===== | =====HyperDynamics与MetaDynamic的差别与联系===== | ||
| - | HyperDynamics的优点：它是针对复杂系统的，目标是探索反应性，bias总是沿着一个特殊的CV设置，而CV是体系中总键数，因此系统倾向于断键。因为bias很具体，所以比MetaDynamic需要的用户输入参数要少。另一个优点是可以从中恢复出动力学信息，MetaDynamic则不能。 | + | ====优势==== |
| + | HyperDynamics的优点：它是针对复杂系统的，目标是探索反应性，bias总是沿着一个特殊的CV设置，而CV是系统中总键数，因此系统倾向于断键。因为bias很具体，所以比MetaDynamic需要的用户输入参数要少。另一个优点是可以从中恢复出动力学信息，MetaDynamic则不能。 | ||
| - | MetaDynamic的优点：如果要模拟单个反应，MetaDynamic通常效果最好。它能返回自由能表面，但没有动力学信息（至少不能直接得到动力学信息）。通过沿一组CV添加bias来加速模拟。在MetaDynamic中，CV必须由用户根据其对反应的了解来构造，因此MetaDynamic需要用户在这方面属于专家级用户。 | + | MetaDynamic的优点：如果要模拟单个反应，MetaDynamic通常效果最好。它能返回自由能表面，但没有动力学信息（至少不能直接得到动力学信息）。通过沿一组CV添加bias来加速模拟。在MetaDynamic中，CV必须由用户根据其对反应的了解来构造，因此MetaDynamic需要用户在这方面拥有专家级知识。 |
| + | ====适用范围==== | ||
| + | * HyperDynamics：多个反应步骤，步骤未知 | ||
| + | * MetaDynamic：单个反应步骤，用户是否大致了解其机制 | ||
| AMS的PLUMED中也有MetaDynamic的接口，PLUMED有一个相当不错的CV库。CV是原子坐标的函数，PLUMED开发了一种语言来构造更复杂的CV。 | AMS的PLUMED中也有MetaDynamic的接口，PLUMED有一个相当不错的CV库。CV是原子坐标的函数，PLUMED开发了一种语言来构造更复杂的CV。 | ||
| 行 84: | 行 88: | ||
| * 原子2和原子7~12之间的配位数 | * 原子2和原子7~12之间的配位数 | ||
| 模拟将生成一个名为HILLS的文件，从中可以读取2D自由能曲面（需要AMS的脚本工具）。 | 模拟将生成一个名为HILLS的文件，从中可以读取2D自由能曲面（需要AMS的脚本工具）。 | ||
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| + | 本文主要介绍HyperDynamics的应用。 | ||
| =====CVHD加速方法适用于AMS中ReaxFF、ADF、BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学模拟===== | =====CVHD加速方法适用于AMS中ReaxFF、ADF、BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学模拟===== | ||
| 本文介绍基于ReaxFF的分子动力学中，如何调用CVHD达到加速热解反应的效果，在AMS中，也支持其他模块如BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学调用该方法进行加速，除去各个计算引擎本身的方法参数设置之外，分子动力学参数、CVHD参数的设置与本文完全一致（图像界面是一致的）。 | 本文介绍基于ReaxFF的分子动力学中，如何调用CVHD达到加速热解反应的效果，在AMS中，也支持其他模块如BAND、DFTB、MOPAC的分子动力学调用该方法进行加速，除去各个计算引擎本身的方法参数设置之外，分子动力学参数、CVHD参数的设置与本文完全一致（图像界面是一致的）。 | ||
adf/cvhd.txt · 最后更改: 2023/04/23 17:22 由 liu.jun