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adf:creatsubstitutes [2020/11/27 19:39] – liu.jun | adf:creatsubstitutes [2020/11/27 19:43] (当前版本) – [取代基效应研究(批量建模)] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
======取代基效应研究(批量建模)====== | ======取代基效应研究(批量建模)====== | ||
+ | 本文基于AMS2020.101以上版本。 | ||
=====准备取代基===== | =====准备取代基===== | ||
用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中,便于平时使用,创建方法参考:[[adf: | 用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中,便于平时使用,创建方法参考:[[adf: | ||
行 12: | 行 13: | ||
第一步:导出苯分子的结构(ADFinput > Export Coordinates,保存为*.xyz文件,例如这里命名为Benzene.xyz)到当前工作目录 | 第一步:导出苯分子的结构(ADFinput > Export Coordinates,保存为*.xyz文件,例如这里命名为Benzene.xyz)到当前工作目录 | ||
- | 第二步:使用如下脚本: | + | 第二步:在该文件夹内运行脚本文件: |
<code bash> | <code bash> | ||
#! /bin/sh | #! /bin/sh | ||
行 28: | 行 29: | ||
done | done | ||
</ | </ | ||
+ | 完成。 | ||
- | 说明如下: | + | |
+ | ====脚本的解释==== | ||
for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do 这一行,用户可以根据自己的需要,修改ligand这个词,ligand是一个变量,用户可以随便改为其他名字,但不能包含中文、空格,在这里,ligand代表的是一系列自由基的名字,也就是:CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine,这些名字用一个(或者多个)空格隔开,以分号结尾。for开头、do结尾表示做循环,用户照抄即可。 | for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do 这一行,用户可以根据自己的需要,修改ligand这个词,ligand是一个变量,用户可以随便改为其他名字,但不能包含中文、空格,在这里,ligand代表的是一系列自由基的名字,也就是:CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine,这些名字用一个(或者多个)空格隔开,以分号结尾。for开头、do结尾表示做循环,用户照抄即可。 | ||
行 35: | 行 38: | ||
下面几行是循环的内容,也就是< | 下面几行是循环的内容,也就是< | ||
- | <code bash>" | + | <code bash>" |
* -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构,字母t是task的意思,GO是geometry optimization的意思; | * -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构,字母t是task的意思,GO是geometry optimization的意思; | ||
* -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思,后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件; | * -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思,后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件; | ||
行 43: | 行 46: | ||
<code bash>sh " | <code bash>sh " | ||
- | <code bash>" | + | <code bash>" |
<code bash>mv uff.rkf " | <code bash>mv uff.rkf " | ||
最后以done结尾和开头的for呼应,for和done之间的几行,表示循环执行的内容,遍历所有自由基后,循环结束。 | 最后以done结尾和开头的for呼应,for和done之间的几行,表示循环执行的内容,遍历所有自由基后,循环结束。 |