这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:confomer [2023/06/14 20:53] – liu.jun | adf:confomer [2024/04/02 10:42] – [工作逻辑] liu.jun | ||
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行 5: | 行 5: | ||
* DFTB 或 Mopac,计算能量误差较小,能量大小顺序基本上正确。速度略慢。 | * DFTB 或 Mopac,计算能量误差较小,能量大小顺序基本上正确。速度略慢。 | ||
* ADF 计算能量很准确,但是速度很慢。因此考虑到效率和可靠性的综合,力场适合大范围粗筛,ADF 适合最后精准筛选。如果一开始就用 ADF 精筛,速度将会慢到无法接受。 | * ADF 计算能量很准确,但是速度很慢。因此考虑到效率和可靠性的综合,力场适合大范围粗筛,ADF 适合最后精准筛选。如果一开始就用 ADF 精筛,速度将会慢到无法接受。 | ||
+ | |||
+ | 注意,以上流程将使用ADF、DFTB、ML Pot模块 | ||
====工作流程概述==== | ====工作流程概述==== | ||
行 15: | 行 17: | ||
=====第一步:创建初步分子结构===== | =====第一步:创建初步分子结构===== | ||
- | ====建模与参数设置==== | + | ====1.1 建模与参数设置==== |
分子建模教程参考:[[adf: | 分子建模教程参考:[[adf: | ||
行 23: | 行 25: | ||
参数设置如上图所示(切换到Conformer模块,均使用默认参数即可)。其中Max Energy指能量最低的一个范围的构型,其中能量是由指定的计算引擎优化结构后得到,例如这里指定ForceField(默认使用UFF力场)。超过最低能量 4 kcal/mol 的结构将被滤除。因为UFF力场一般倾向于低估不同构型的能量差值,因此调用UFF时,Max energy不建议设置太大,**分子如果比较小,设置为 3kcal/mol 更高效**。 | 参数设置如上图所示(切换到Conformer模块,均使用默认参数即可)。其中Max Energy指能量最低的一个范围的构型,其中能量是由指定的计算引擎优化结构后得到,例如这里指定ForceField(默认使用UFF力场)。超过最低能量 4 kcal/mol 的结构将被滤除。因为UFF力场一般倾向于低估不同构型的能量差值,因此调用UFF时,Max energy不建议设置太大,**分子如果比较小,设置为 3kcal/mol 更高效**。 | ||
+ | |||
+ | **如果是大分子**,则建议关闭GCStep以节省时间: | ||
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+ | {{ : | ||
File - Save保存任务,并运行。 | File - Save保存任务,并运行。 | ||
- | ====计算过程日志==== | + | ====1.2 计算过程日志==== |
SCM → logfile: | SCM → logfile: | ||
< | < | ||
行 68: | 行 74: | ||
* 排除了2686个等价结构只剩下15个不等价结构(此处仍然有少量等价结构,可以通过后面的筛选过程进一步自动筛除) | * 排除了2686个等价结构只剩下15个不等价结构(此处仍然有少量等价结构,可以通过后面的筛选过程进一步自动筛除) | ||
- | ====结果查看==== | + | ====1.3 结果查看==== |
任务结束后,SCM - Movie可以看到搜索结果,得到15个异构体(左边窗口是三维构型,右边窗口显示各种构型的能量): | 任务结束后,SCM - Movie可以看到搜索结果,得到15个异构体(左边窗口是三维构型,右边窗口显示各种构型的能量): | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 当然能量最低的是第一个结构。使用键盘的← →按键,可以查看各种异构体。这些搜索得到的结构,都已经使用UFF力场优化过了,对应的能量是用UFF力场计算得到的。双击纵坐标,可以修改能量单位。 | + | 当然能量最低的是第一个结构。使用键盘的← →按键,可以查看各种异构体。这些搜索得到的结构,都已经使用UFF力场优化过了,对应的能量是用UFF力场计算得到的。默认能量单位为 Hatree,双击纵坐标,可以修改能量单位,例如改为 kcal/mol。 |
=====第二步:逐步提高精度,依次使用Mopac、ADF继续筛选结构===== | =====第二步:逐步提高精度,依次使用Mopac、ADF继续筛选结构===== | ||
行 79: | 行 85: | ||
我们可以仍然在Conformer中进行筛选,基于前面得到的15个结构,采用更高精度的计算引擎例如MOPAC进一步滤除高能量构型。 | 我们可以仍然在Conformer中进行筛选,基于前面得到的15个结构,采用更高精度的计算引擎例如MOPAC进一步滤除高能量构型。 | ||
- | ====Mopac 筛选的参数设置==== | + | ====2.1 Mopac 筛选的参数设置==== |
{{ : | {{ : | ||
行 88: | 行 94: | ||
* Max energy设置的较低1.5kcal/ | * Max energy设置的较低1.5kcal/ | ||
- | ====Mopac 筛选结果查看==== | + | ====2.2 Mopac 筛选结果查看==== |
SCM → Movie: | SCM → Movie: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 因为前面设置了“只输出范围在2.0kcal/ | + | 因为前面设置了“只输出范围在2.0kcal/ |
- | ====ADF 筛选的参数设置==== | + | ====2.3 ADF 筛选的参数设置==== |
- | ADF模块(参数如下图所示,为DZP基组、BP86泛函、相对论-None,Max energy为 1 kcal/mol) 进一步筛选。 | + | ADF 模块(参数如下图所示,为 DZP 基组、BP86 泛函、相对论-None,Max energy 为 1 kcal/ |
{{ : | {{ : | ||
行 121: | 行 127: | ||
[23.04|16: | [23.04|16: | ||
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- | ====ADF 筛选结果查看==== | + | ====2.4 ADF 筛选结果查看==== |
- | 计算完毕,仍可如前一样通过SCM → Movie查看不同构型的能量,选择能量最低的构型,然后菜单栏File → Export Coordinates将该构型保存为xyz文件,即用于其他场景,例如生成*.coskf文件。 | + | 计算完毕,仍可如前一样通过SCM → Movie查看不同构型的能量,选择能量最低的构型(**这些能量是由高精度方法 ADF 生成,能量的数值、大小顺序都极为可靠**),然后菜单栏File → Export Coordinates将该构型保存为xyz文件,即用于其他场景,例如生成*.coskf文件。 |
=====第三步:使用ADF计算多个异构体的热力学平均光谱(玻尔兹曼平均)===== | =====第三步:使用ADF计算多个异构体的热力学平均光谱(玻尔兹曼平均)===== | ||
这里是选择性的第三步。 | 这里是选择性的第三步。 | ||
- | ====结构导入与参数设置==== | + | ====3.1 结构导入与参数设置==== |
{{ : | {{ : | ||
此处读入最后一步结构筛选生成的*.results/ | 此处读入最后一步结构筛选生成的*.results/ | ||
行 137: | 行 143: | ||
保存并运行作业。 | 保存并运行作业。 | ||
- | ====结果查看==== | + | ====3.2 结果查看==== |
SCM → Spectra: | SCM → Spectra: |