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--- adf:changeofgibbs [2016/07/19 16:14] – liu.jun
+++ adf:changeofgibbs [2019/12/31 17:15] – liu.jun
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 ======如何计算溶液中氧化还原Gibbs自由能变化======
-气体分子的Gibbs自由能计算、Thermal-ADF.py的用法，请参考费米科技WIKI：[[adf:gibbsofgas|]]。本文讲解如何计算溶液中的氧化还原Gibbs自由能变化。依据的参考文献：
+气体分子的Gibbs自由能计算请参考费米维基：[[adf:ir]]。本文讲解如何计算溶液中的氧化还原Gibbs自由能变化。依据的参考文献：
 DFT as a Powerful Predictive Tool in Photoredox Catalysis: Redox Potentials and Mechanistic Analysis, Organometallics 2015, 34, 4218−4228
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 第一项：氧化还原自由能变化，也就是离子化势（ionization potential）；
-第二项：还原产物PC的溶剂化自由能；
+第二项：还原产物PC的溶剂化后的Gibbs自由能；
-第三项：氧化产物PC<sup>+</sup>的溶剂化自由能。
+第三项：氧化产物PC<sup>+</sup>的溶剂化后的Gibbs自由能。
-我们以该文的Supporting Information的Table S1中PC1(+2)为例，说明PC1(+2)的这三个部分数值如何计算。下文中，PC1（2+）是文献中的表示方法，即PC1<sup>2+</sup>，PC1（3+）即PC1<sup>3+</sup>。
+我们以该文的Supporting Information的Table S1中PC1(+2)为例，说明$PC1^{2+}$的这三个部分数值如何计算。下文中，PC1（2+）是文献中的表示方法，即PC1<sup>2+</sup>，PC1（3+）即PC1<sup>3+</sup>。
 **表S1：**
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 {{ :adf:gibbs-solution04.png |}}
-，首先计算PC1（2+）的气相Gibbs自由能，也即表S1中的Gas-phase，计算方法参考费米科技WIKI：[[adf:gibbsofgas|]]即可。
+，首先计算$PC1^{2+}$的气相Gibbs自由能，也即表S1中的Gas-phase，计算方法参考费米维基：[[adf:ir|]]即可。
 得到的Gas-phase Gibbs自由能为：-9090.487kcal/mol（因为结构优化精度的差别，与文献中数值略有差别，文献中为**-9091.7579kcal/mol**）
-，类似地计算PC1（2+）在MeCN溶液中的Gibbs自由能（与1的区别仅仅在于多了model > Salvation的溶剂化设置）：
+，类似地计算$PC1^{2+}$在MeCN溶液中的Gibbs自由能（与1的区别仅仅在于多了model > Salvation的溶剂化设置），类似地得到Gibbs free energy。
-[[http://pan.baidu.com/s/1o7l2v6E|下载计算文件]]（包括结构优化、频率计算、热力学性质计算）
+，依照上述类似的方法，分别计算$PC1^{2+}$去掉一个电子之后，$PC1^{3+}$的气相Gibbs自由能以及在MeCN溶液中的Gibbs自由能（均需另做结构优化）。
-类似地得到Gibbs free energy。
+**注意：ADF2016后的版本，计算Gibbs Free Energy数值与下面略有不同，但方法是一样的。**
-，依照上述类似的方法，分别计算PC1（2+）去掉一个电子之后，PC1（3+）的气相Gibbs自由能以及在MeCN溶液中的Gibbs自由能（均需另做结构优化）。
+，计算公式1中第一项，$PC1^{2+}$的△G<sup>0</sup>(gas,redox),也即表S1中的ΔG(gas)（采用文献中的数值）:
-，计算公式1中第一项，PC1(2+)的△G<sup>0</sup>(gas,redox),也即表S1中的ΔG(gas)（采用文献中的数值）:
 ΔG(gas)
-=PC1（2+）的气相Gibbs自由能-PC1（3+）的气相Gibbs自由能
+=$PC1^{2+}$的气相Gibbs自由能-$PC1^{3+}$的气相Gibbs自由能
 =-9091.7579-（-8795.4794）
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 =-296.3 kcal/mol
-，计算公式1中第二项，PC1(2+)的△G<sup>0</sup>(solv,PC)，也就是表S1中的ΔG(solv.PC)：
+，计算公式1中第二项，$PC1^{2+}$的△G<sup>0</sup>(solv,PC)，也就是表S1中的ΔG(solv.PC)：
 ΔG(solv.PC)
-=在MeCN溶液中的Gibbs自由能-气相的Gibbs自由能（采用文献中的数值）
+=$PC1^{2+}$在MeCN溶液中的Gibbs自由能-$PC1^{2+}$气相的Gibbs自由能（采用文献中的数值）
 =-9213.1284-(-9091.7579)
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 = -121.3705 kcal/mol
-，计算公式1中第三项，PC1(2+)的△G<sup>0</sup>(solv,PC<sup>+</sup>)，也就是表S1中的ΔG(solv.PC+)：
+，计算公式1中第三项，$PC^{2+}$的△G<sup>0</sup>(solv,PC<sup>+</sup>)，也就是表S1中的ΔG(solv.$PC^+$)一列，在这里$PC1^{2+}$的正离子，就是$PC1^{3+}$了，所以：
 ΔG(solv.PC+)
-=在MeCN溶液中的Gibbs自由能-去掉一个电子后在MeCN溶液中的Gibbs自由能
+=$PC1^{3+}$在MeCN溶液中的Gibbs自由能-$PC1^{3+}$气相的Gibbs自由能
-=-9213.1284-(-9085.2758)
+-9085.2758-(-8795.4795)
-=-127.8526 kcal/mol
+=-289.8 kcal/mol
-，计算PC1（2+）在MeCN溶液中氧化还原Gibbs自由能变化：
+，计算$PC1^{2+}$在MeCN溶液中氧化还原Gibbs自由能变化：
 △G<sup>0</sup>(soln,redox)

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