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adf:bondboost [2022/03/04 20:26] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | adf:bondboost [2022/05/06 19:46] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun |
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{{ :adf:2020bond_boost_10.png?650 }} | {{ :adf:2020bond_boost_10.png?650 }} |
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注意: | **Bond Boost参数:** |
* Bond Boost lifetime,指该每次作用多长时间?这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000。 | * Bond Boost lifetime,指每次Restraints作用持续步数上限。这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000。该时间结束后,会再次检测是否有符合条件的环、链(环、链含义见下文),以施加Restraints。因此该值设置的较大,则Bond boost工作频率就比较低。 |
* Number of instance,指同时加速反应的个数。 | * Number of instance,指同时施加Restraints的环、链数(参看下文后有助于理解此处),该数值设置越大,计算速度越慢。 |
* 本例中,这些“原子对”的选择是循环、首尾相连的:1~2、2~3、3~4、4~1。但实际上也可以是键链,例如1~2、2~3、3~4。系统会监测这些环或者链的实际情况,如果发现有符合设置条件(在R<sub>min</sub>、R<sub>max</sub>范围内)的链或者环存在,下方所定义的Restraints(施加外力)就会生效。如果有多个组合满足条件,就会选择其中距离之和最短的一组环或链施加外力。 | |
| **Atom types with region参数:** |
| * 本例中,这些“原子对”是循环、首尾相连的“环”:1~2、2~3、3~4、4~1。但也可以是“链”,例如1~2、2~3、3~4。系统会监测环或者链相关“原子对”的实际距离,如果发现设定的几组R<sub>min</sub>、R<sub>max</sub>条件全部同时满足,下方所定义的Restraints(施加外力)就会发生作用。如果有多组环或者链满足条件,会选择其中距离之和最短的n组(Number of instance)施加Restraints。 |
* 本例中,定义的是环,因此5即1。 | * 本例中,定义的是环,因此5即1。 |
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然后设置具体的力的大小,以及方向(推/拉): | **Restraints参数:** |
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{{ :adf:2020bond_boost_11.png?650 }} | {{ :adf:2020bond_boost_11.png?650 }} |
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* R<sub>0</sub>指目标键长,例如O-H这里设置目标键长是1.5埃,当环或链条件满足时,检查O-H距离,如果大于目标键长,将产生拉近效果,如果小于键长,将产生推开的效果。但因为这里定义的环条件中,区间是3.0~5.5埃时,才会施加外力,因此实际上只会产生“拉力”,没有机会产生推力(因为距离小于1.5埃时,条件已经不具备了)。这种情况下,目标键长并不需要精确,估算一个值即可,因为这种情况下它主要影响外力的大小,对实际键长没有影响。设置适当的话,对反应机理也没有明显影响,只是提高碰撞几率。 | * R<sub>0</sub>指目标键长,例如O-H这里设置目标键长是1.5埃,当环或链条件满足时,检查O-H具体距离,如果大于目标键长,将产生拉力,如果小于键长,将产生推力。本例中,因为定义的条件中,当O-H距离在3.0~5.5埃时,才会施加外力,因此实际上只会产生“拉力”,没有机会产生推力(因为距离小于1.5埃时,条件已经不具备了)。这种情况下,目标键长并不需要精确,估算一个值即可,因为这种情况下它主要影响外力的大小,对实际键长没有影响。 |
* 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R<sub>max</sub>=1.5还大。 | * 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R<sub>max</sub>=1.5还大。 |
* 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中一个是正比项,另一个是指数项。公式参考:https://www.scm.com/doc/OldReaxFF/BondBoost.html | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中F∞是正比项,k是指数项。公式参考:https://www.scm.com/doc/OldReaxFF/BondBoost.html |
* **<color red>Restraints定义的原子对,不需要与上面定义的环、链顺序一致,甚至可以没有任何关系。例如环定义为1~2,2~3,3~4,4~1,Restraints也可以直接施加到2~4上。</color>**这种情况的话,就要非常注意R<sub>0</sub>的精确设置了,因为环、链条件没有关于2~4的,因此任何键长都可能存在的,那推力、拉力都有可能产生。 | * **<color red>Restraints定义的原子对,不需要与上面定义的环、链顺序一致,甚至可以没有任何关系。例如环定义为1~2,2~3,3~4,4~1,Restraints也可以直接施加到2~4上。</color>**这种情况的话,就要非常注意R<sub>0</sub>的精确设置了,因为环、链条件没有关于2~4的,因此任何键长都可能存在的,那推力、拉力都有可能产生。 |
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