这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:bondboost [2022/01/23 19:42] – liu.jun | adf:bondboost [2022/05/06 19:46] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | ||
---|---|---|---|
行 64: | 行 64: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | 注意: | + | **Bond Boost参数:** |
- | * Bond Boost lifetime,指该每次作用多长时间?这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000 | + | * Bond Boost lifetime,指每次Restraints作用持续步数上限。这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000。该时间结束后,会再次检测是否有符合条件的环、链(环、链含义见下文),以施加Restraints。因此该值设置的较大,则Bond boost工作频率就比较低。 |
- | * Number of instance,指同时加速反应的个数 | + | * Number of instance,指同时施加Restraints的环、链数(参看下文后有助于理解此处),该数值设置越大,计算速度越慢。 |
- | * 这些“原子对”的选择是循环、首尾相连的:1~2、2~3、3~4、4~5、5~1 | + | |
- | * 最后一对是所有的H和MD中出现的第一个原子CT中C靠近的N原子,也就是第一对中的N-AllN | + | |
- | * R< | + | |
- | * 以上设置是根据经验选择的 | + | |
- | 然后设置具体的力的大小,以及方向(推/拉): | + | **Atom types with region参数:** |
+ | * 本例中,这些“原子对”是循环、首尾相连的“环”:1~2、2~3、3~4、4~1。但也可以是“链”,例如1~2、2~3、3~4。系统会监测环或者链相关“原子对”的实际距离,如果发现设定的几组R< | ||
+ | * 本例中,定义的是环,因此5即1。 | ||
+ | |||
+ | **Restraints参数:** | ||
{{ : | {{ : | ||
- | * R< | + | * R< |
- | * 2-3之间在1.2~1.5埃时存在外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比1.5大 | + | * 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R< |
- | * 从区间、目标来看,拉力只是促使“相遇”,实际上并没有干扰机理。 | + | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中F∞是正比项,k是指数项。公式参考:https:// |
- | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中一个是正比项,另一个是指数项。公式参考:https:// | + | * **<color red> |
+ | 用户可以设置多组Bond boost,例如,一个键链搭配一个Restraints,一个键环搭配另一个Restraints。数量没有限制。 | ||
=====一般性分子动力学参数设置===== | =====一般性分子动力学参数设置===== | ||
{{ : | {{ : |