这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:3d-peda [2017/05/23 09:44] – [第一步:建模] liu.jun | adf:3d-peda [2022/07/09 12:52] – [第二步:设置参数] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ======如何进行三维周期性体系的能量分解pEDA====== | + | ======如何进行三维周期性体系的结合能、能量分解pEDA====== |
- | ADF2016以后的版本,支持周期性体系的能量分解。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H< | + | 以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H< |
=====第一步:建模===== | =====第一步:建模===== | ||
- | 在免费、开放的[[adf: | + | 在免费、开放的[[https:// |
创建孔洞结构的过程,参考[[adf: | 创建孔洞结构的过程,参考[[adf: | ||
行 11: | 行 11: | ||
点击如下图黄色圆圈所示的H符号,点击孔洞内的空间两次,则创建好了H< | 点击如下图黄色圆圈所示的H符号,点击孔洞内的空间两次,则创建好了H< | ||
- | {{: | + | {{ : |
当然,真正进行计算的时候,需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能,因此省去了结构优化的步骤。 | 当然,真正进行计算的时候,需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能,因此省去了结构优化的步骤。 | ||
- | ======第二步:设置参数====== | + | =====第二步:设置参数===== |
设置参数如下: | 设置参数如下: | ||
- | 泛函、基组的选择,可以参考[[adf: | + | 泛函、基组的选择,可以参考:[[adf:basis_band]]。因为是研究分子吸附,所以这里选择了色散修正泛函PBE-D3(BJ),也可以使用D4-(EEQ)。 |
- | {{: | + | {{ : |
- | **为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考[[adf: | + | 设置k点为Very Good: |
- | {{:adf:3d-peda12.png|}} | + | {{ :adf:3d-peda13.png?650 }} |
- | {{:adf:3d-peda13.png|}} | + | **为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考[[adf:creatregion|]]**。这里将H< |
- | **对于pEDA而言,只需要关心Gamma点就可以了**,所以k点设置如下(或者K-Space选择Gamma Only也可以): | + | {{ :adf:3d-peda12.png? |
- | {{: | + | 勾选Use Fragment,开启EDA功能: |
- | {{: | + | {{ : |
设置完成后,File > Save As,保存任务。 | 设置完成后,File > Save As,保存任务。 | ||
行 39: | 行 39: | ||
提交任务的方式,参考[[adf: | 提交任务的方式,参考[[adf: | ||
- | ======第四步:结果查看====== | + | =====第四步:结果查看===== |
- | + | 打开*.out文件,点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。其中△E< | |
- | 查看结果文件,参考[[adf: | + | |
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- | 打开*.out文件,点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。各项能量的含义,请参考[[adf: | + |