这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:2d-peda [2019/12/09 14:10] – [模型] liu.jun | adf:2d-peda [2021/02/10 11:20] – [第四步:结果查看] liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
- | ======如何进行二维周期性体系的结合能、能量分解pEDA====== | + | ======如何进行二维周期性体系的结合能(吸附能)、能量分解pEDA====== |
BAND中的二维体系是真正的二维体系,并不需要加真空层。在Main菜单中,Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。 | BAND中的二维体系是真正的二维体系,并不需要加真空层。在Main菜单中,Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。 | ||
- | 由于pEDA分析支持正常k空间布点,而NOCV则只支持Gamma点,因此建议二者分别计算。本文使用AMS2019.301完成。 | + | **由于pEDA分析支持正常k空间布点,而NOCV则只支持Gamma点,因此建议二者分别计算。**本文使用AMS2019.301以上的版本完成。 |
=====模型===== | =====模型===== | ||
+ | 二维周期性体系的建模,参考:[[adf: | ||
< | < | ||
- | Mg | + | Atoms |
- | Mg | + | |
- | Mg -2.38153597 | + | Mg 2.083763837814331 |
- | Mg -0.89307620 | + | Mg -2.381629705429077 |
- | O 2.08384335 | + | Mg -0.8931822776794434 |
- | O | + | |
- | O 0.59538358 | + | O -0.8931580781936646 |
- | O | + | |
- | O 0.59538553 | + | O -2.38149356842041 |
- | C 0.59538493 | + | |
- | VEC1 2.97691955 | + | |
- | VEC2 2.97691955 | + | End |
+ | Lattice | ||
+ | | ||
+ | 2.976919651031494 | ||
+ | End | ||
</ | </ | ||
- | 把这段数据直接复制到Input窗口即可。注意,此时Main窗口的Periodicity自动修改为Slab了,也就是一个真正的二维材料,上下表面为半无限大的真空。 | + | 把这段数据直接复制到Input窗口即可。**注意,此时Main窗口的Periodicity自动修改为Slab了,也就是一个真正的二维材料,用户不需要手动添加真空层,因为上下表面为半无限大的真空。晶格常数也是2*2矩阵而非3*3矩阵** |
======第二步:设置计算参数====== | ======第二步:设置计算参数====== | ||
严格的说,需要先对吸附模型进行结构优化,但本例仅仅为了演示pEDA的功能,因此省去了结构优化,而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下: | 严格的说,需要先对吸附模型进行结构优化,但本例仅仅为了演示pEDA的功能,因此省去了结构优化,而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下: | ||
- | {{: | + | {{ : |
- | 注意,泛函、基组的选择,请参考[[adf: | + | 注意,泛函、基组的选择,请参考[[adf: |
- | 如果有原子不在Cell范围内,通过Edit > Crystal > Map Atoms to Cell。因为进行pEDA计算的时候,如果有原子不在Cell范围内可能会报错。 | + | 将CO和MgO表面分成2个区,分区方法参考[[adf: |
- | 将H2和铁表面分成2个区,分区方法参考[[adf:creatregion|]],如下图: | + | {{ :adf:2d-peda07.png? |
- | {{: | ||
- | 设置其他参数: | + | 设置K点越大越精确,但计算量也越大: |
- | {{: | + | {{ : |
- | {{: | + | 勾选该选项,即开启pEDA功能 |
- | + | {{ : | |
- | 关于k点的设置:2019版可以用默认k点设置,也可以在Details → K-Space Integration → Number of Points输入具体k点个数,例如7 7;之前的版本需要选择Gamma Only(也就是1 1,只有一个1*1=1个k点) | + | |
设置完成后,File > Save As保存任务。 | 设置完成后,File > Save As保存任务。 | ||
======第三步:运行任务====== | ======第三步:运行任务====== | ||
- | 提交任务的方式,参考[[adf: | + | 提交任务的方式,参考[[adf: |
======第四步:结果查看====== | ======第四步:结果查看====== | ||
+ | SCM - Output - Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。 | ||
+ | < | ||
+ | P E D A E n e r g y T e r m s | ||
+ | ------------------------------------------------------------------- | ||
+ | au | ||
+ | ------------------------------------------------------------------- | ||
- | 查看结果文件,参考[[adf: | + | Main bond energy terms |
- | + | | |
- | 打开*.out文件,点击Properties | + | E_disp |
+ | E_elstat | -0.00829 | ||
+ | | ||
+ | | --------- | ||
+ | | ||
+ | </code> | ||
+ | 其中< |