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adf:2d-peda [2017/03/25 23:06] – liu.jun | adf:2d-peda [2021/02/10 11:20] – [如何进行二维周期性体系的结合能、能量分解pEDA] liu.jun | ||
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- | ======如何进行二维周期性体系的能量分解pEDA====== | + | ======如何进行二维周期性体系的结合能(吸附能)、能量分解pEDA====== |
BAND中的二维体系是真正的二维体系,并不需要加真空层。在Main菜单中,Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。 | BAND中的二维体系是真正的二维体系,并不需要加真空层。在Main菜单中,Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。 | ||
- | =====第一步:建模====== | + | **由于pEDA分析支持正常k空间布点,而NOCV则只支持Gamma点,因此建议二者分别计算。**本文使用AMS2019.301以上的版本完成。 |
- | + | =====模型===== | |
- | 如果是石墨烯等片层结构,如果有CIF文件的话,可以直接通过File > Coordinates Import导入到ADFinput中,之后在Main菜单中将Periodicity设置为Slab即可。如果是三维晶体,比如体心立方的铁晶体。那么应该先将CIF文件导入ADFinput中,然后切割成二维体系,切割方法参考[[adf: | + | 二维周期性体系的建模,参考:[[adf: |
- | + | <code> | |
- | 然后点击Edit | + | Atoms |
- | + | Mg 0.5952900648117065 0.5952714085578918 1.669389009475708 | |
- | {{:adf:2d-peda04.png|}} | + | Mg 2.083763837814331 -0.8932194709777832 -0.3998482525348663 |
- | + | Mg -2.381629705429077 0.5952858924865723 1.650922179222107 | |
- | 之后,在表面创建H< | + | Mg -0.8931822776794434 -0.8931437730789185 -0.3998597264289856 |
- | + | O 2.0837242603302 | |
- | {{: | + | O -0.8931580781936646 -0.8930988311767578 1.721139311790466 |
- | + | O 0.5958311557769775 0.5952631831169128 -0.4591511785984039 | |
- | 之后可以对键长和键角进行调整,调整方式参考[[adf: | + | O -2.38149356842041 0.595311164855957 -0.4593693315982819 |
+ | O 0.5951411128044128 0.5954184532165527 4.201965808868408 | ||
+ | C 0.5957195162773132 0.5962072014808655 5.353646278381348 | ||
+ | End | ||
+ | Lattice | ||
+ | 2.976919651031494 -2.976919651031494 0.0 | ||
+ | 2.976919651031494 2.976919651031494 0.0 | ||
+ | End | ||
+ | </code> | ||
+ | 把这段数据直接复制到Input窗口即可。**注意,此时Main窗口的Periodicity自动修改为Slab了,也就是一个真正的二维材料,用户不需要手动添加真空层,因为上下表面为半无限大的真空。晶格常数也是2*2矩阵而非3*3矩阵** | ||
======第二步:设置计算参数====== | ======第二步:设置计算参数====== | ||
严格的说,需要先对吸附模型进行结构优化,但本例仅仅为了演示pEDA的功能,因此省去了结构优化,而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下: | 严格的说,需要先对吸附模型进行结构优化,但本例仅仅为了演示pEDA的功能,因此省去了结构优化,而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下: | ||
- | {{: | + | {{ : |
- | 注意,泛函、基组的选择,请参考[[adf: | + | 注意,泛函、基组的选择,请参考[[adf: |
- | 如果有原子不在Cell范围内,通过Edit > Crystal > Map Atoms to Cell。因为进行pEDA计算的时候,如果有原子不在Cell范围内可能会报错。 | + | 将CO和MgO表面分成2个区,分区方法参考[[adf: |
- | 将H2和铁表面分成2个区,分区方法参考[[adf:creatregion|]],如下图: | + | {{ :adf:2d-peda07.png? |
- | {{: | ||
- | 设置其他参数: | + | 设置K点越大越精确,但计算量也越大: |
- | {{: | + | {{ : |
- | {{: | + | 勾选该选项,即开启pEDA功能 |
+ | {{ : | ||
设置完成后,File > Save As保存任务。 | 设置完成后,File > Save As保存任务。 | ||
======第三步:运行任务====== | ======第三步:运行任务====== | ||
- | 提交任务的方式,参考[[adf: | + | 提交任务的方式,参考[[adf: |
======第四步:结果查看====== | ======第四步:结果查看====== | ||
+ | SCM - Output - Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。 | ||
+ | < | ||
+ | P E D A E n e r g y T e r m s | ||
+ | ------------------------------------------------------------------- | ||
+ | au | ||
+ | ------------------------------------------------------------------- | ||
- | 查看结果文件,参考[[adf: | + | Main bond energy terms |
- | + | | |
- | 打开*.out文件,点击Properties | + | E_disp |
+ | E_elstat | -0.00829 | ||
+ | | ||
+ | | --------- | ||
+ | | ||
+ | </code> | ||
+ | 其中< |