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adf:弛豫与优化 [2016/04/06 15:26] – liu.jun | adf:弛豫与优化 [2020/11/26 11:40] – liu.jun | ||
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在使用ReaxFF进行正式的分子动力学模拟之前,一般会对体系进行**弛豫**(relax)或者**能量最小化**(或者叫做结构优化)。 | 在使用ReaxFF进行正式的分子动力学模拟之前,一般会对体系进行**弛豫**(relax)或者**能量最小化**(或者叫做结构优化)。 | ||
- | - 能量最小化:对于ReaxFF而言,只需要将Task选为Energy Minimization,同时选择合适的力场、Method(即系综,可以参考[[adf: | + | - 能量最小化:对于ReaxFF而言,只需要将Task选为Geometry Optimization,同时选择合适的力场就可以了。温度、和压强不需要理会,设置了也不会读取。 |
- | - 弛豫:实际上就是一个分子动力学模拟,不过这种模拟一般温度设置的很低,这样确保体系不发生反应,保持为原汁原味的“反应物”状态。使用的力场、系综、温度、压强、弛豫所需要的分子动力学步数(一般不需要弛豫很久,不需要高于1ps),可以参考其他文献即可。 | + | - 弛豫:实际上就是一个最简单分子动力学模拟,不过这种模拟一般温度设置的很低,低的原则是“确保体系不发生反应”,保持为的“反应物”状态。 |
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+ | 弛豫或者能量最小化的目的,是为了得到一个平衡、均匀的反应物,防止初始结构不合理,而导致分子动力学模拟结果不可靠。那么什么时候使用能量最小化,什么时候使用弛豫呢?实际上所有的情况都可以使用弛豫代替能量最小化。能量最小化对MD而言意义不大,因为最终因为MD过程,都会偏离平衡位置。 | ||
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+ | 对于体系中全部是强的化学键,例如硅单晶,里面原子和原子的相互作用都很强,那么能量最小化是可以很容易收敛的。但是如果体系中存在范德华力、氢键,那么这样的体系进行能量最小化很难收敛(而且收敛到能量最小值,本身对MD也没有多大意义),分子个数越多越难收敛,这种情况下就只能用弛豫的方式处理初始结构。 | ||
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+ | 因此在MD模拟之前,建议都使用弛豫即可。 | ||
- | 弛豫或者能量最小化的目的,是为了得到一个平衡、均匀的反应物。防止初始结构不合理,而导致分子动力学模拟结果不可靠。 |