adf:并行数的设置
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
| adf:并行数的设置 [2015/12/11 09:19] – liu.jun | adf:并行数的设置 [2016/04/18 20:00] – liu.jun | ||
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| 行 6: | 行 6: | ||
| - | 使用图形界面提交任务，环境变量中NSCM的设置不能直接起效，而被图形界面中的Sequential或者interactive两种Queue中的NSCM所覆盖。改动方式： | + | 使用图形界面提交任务，默认将调用所有的核——如果license允许的话，当然，如果license不允许这么大核数，自然就会报错“License Invalid”了。对于ReaxFF模块，另外有一个限制：当原子个数小于1000的时候，将强制使用1个核计算，不进行并行计算——因为1000原子数目太小，单核运算效率最高。 |
| + | |||
| + | 如果我们对某个任务要单独设置并行核数，那么改动方式如下： | ||
| ADFjobs界面：Queue — Edit Queue — Sequential，将export NSCM" | ADFjobs界面：Queue — Edit Queue — Sequential，将export NSCM" | ||
| 行 18: | 行 20: | ||
| 后者：所有任务一起运行 | 后者：所有任务一起运行 | ||
| - | 在ADFinput界面使用File — run提交，则默认采用Sequential方式。如果要改成Interactive方式运行，可以在ADFjobs界面，选中需要运行的任务，然后为它们指定为Interactive队列（指定方式：按住Shift键，选中多个任务后，Queue — Interactive），然后在这些任务呗选中的状态下，点击jobs — run，那么被选中的任务就按照Interactive的方式运行。 | + | 在ADFinput界面使用File — run提交，则默认采用Sequential方式（当然使用的核数，也就是上面设置的核数）。如果要改成Interactive方式运行，可以在ADFjobs界面，选中需要运行的任务，然后为它们指定为Interactive队列（指定方式：按住Shift键，选中多个任务后，Queue — Interactive），然后在这些任务呗选中的状态下，点击jobs — run，那么被选中的任务就按照Interactive的方式运行（当然使用的核数，也就是上面设置的核数）。 |
| + | |||
| + | 也可以为每种核数创建一个Queue（ADFjobs > Queue > New > Interactive）, | ||
| **二，使用命令行提交（适合没有图形界面的单个工作站、集群、超算中心）** | **二，使用命令行提交（适合没有图形界面的单个工作站、集群、超算中心）** | ||
| 行 42: | 行 46: | ||
| 如果是使用*.run文件提交，运行完毕之后，手工修改logfile为*.logfile，TAPE21改名为*.t21，out改名为*.out。 | 如果是使用*.run文件提交，运行完毕之后，手工修改logfile为*.logfile，TAPE21改名为*.t21，out改名为*.out。 | ||
| - | **2 集群提交任务，用*.job文件提交：** | + | **2 集群通过PBS或LSF脚本提交任务，提交*.job或者*.run均可：** |
| **0）**首先，在本地Windows服务器，运行一下该任务，运行几秒之后即可kill该任务，从而产生job文件。 | **0）**首先，在本地Windows服务器，运行一下该任务，运行几秒之后即可kill该任务，从而产生job文件。 | ||
| 行 82: | 行 86: | ||
| / | / | ||
| - | **PBS脚本也是类似的，只需要在标准脚本的基础上，写入最后两行相关的内容即可。** | + | **PBS脚本也是类似的，只需要在标准脚本的基础上，写入最后两行相关的内容即可。**以下为PBS脚本的例子： |
| + | |||
| + | # | ||
| + | #PBS -N cc | ||
| + | #PBS -l nodes=1: | ||
| + | #PBS -q long | ||
| + | #PBS -j oe | ||
| + | #PBS -l walltime=168: | ||
| + | NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` | ||
| + | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
| + | cat $PBS_NODEFILE > machinefile | ||
| + | source / | ||
| + | / | ||
| - | 通过*.job这种方式提交任务，则不需要手动修改logfile、TAPE21、out。事实上在Linux工作站上也可以这样提交，但工作站一般不会安装PBS或者LSF，因此只需要上传*.job和*.pid，并按第2）、3）步修改之后，直接通过./ | + | 通过*.job这种方式提交任务，则不需要手动修改logfile、TAPE21、out。事实上在Linux工作站上也可以这样提交，但工作站一般不会安装PBS或者LSF，因此只需要上传*.job，并按第2）、3）步修改之后，直接通过./ |
| 对于片段分析这样的多job文件任务，最后一行写入的应该是主job文件的文件名。主job文件会在运行的过程中自动调用各个片段计算的job文件。 | 对于片段分析这样的多job文件任务，最后一行写入的应该是主job文件的文件名。主job文件会在运行的过程中自动调用各个片段计算的job文件。 | ||
| **如果运行有问题，可以咨询support@fermitech.com.cn。** | **如果运行有问题，可以咨询support@fermitech.com.cn。** | ||