这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版上一修订版两侧同时换到之后的修订记录 | ||
adf:并行数的设置 [2015/08/20 15:26] – liu.jun | adf:并行数的设置 [2016/04/18 20:00] – liu.jun | ||
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行 6: | 行 6: | ||
- | 使用图形界面提交任务,环境变量中NSCM的设置不能直接起效,而被图形界面中的Sequential或者interactive两种Queue中的NSCM所覆盖。改动方式: | + | 使用图形界面提交任务,默认将调用所有的核——如果license允许的话,当然,如果license不允许这么大核数,自然就会报错“License Invalid”了。对于ReaxFF模块,另外有一个限制:当原子个数小于1000的时候,将强制使用1个核计算,不进行并行计算——因为1000原子数目太小,单核运算效率最高。 |
+ | |||
+ | 如果我们对某个任务要单独设置并行核数,那么改动方式如下: | ||
ADFjobs界面:Queue — Edit Queue — Sequential,将export NSCM" | ADFjobs界面:Queue — Edit Queue — Sequential,将export NSCM" | ||
行 18: | 行 20: | ||
后者:所有任务一起运行 | 后者:所有任务一起运行 | ||
- | 在ADFinput界面使用File — run提交,则默认采用Sequential方式。如果要改成Interactive方式运行,可以在ADFjobs界面,选中需要运行的任务,然后为它们指定为Interactive队列(指定方式:按住Shift键,选中多个任务后,Queue — Interactive),然后在这些任务呗选中的状态下,点击jobs — run,那么被选中的任务就按照Interactive的方式运行。 | + | 在ADFinput界面使用File — run提交,则默认采用Sequential方式(当然使用的核数,也就是上面设置的核数)。如果要改成Interactive方式运行,可以在ADFjobs界面,选中需要运行的任务,然后为它们指定为Interactive队列(指定方式:按住Shift键,选中多个任务后,Queue — Interactive),然后在这些任务呗选中的状态下,点击jobs — run,那么被选中的任务就按照Interactive的方式运行(当然使用的核数,也就是上面设置的核数)。 |
+ | |||
+ | 也可以为每种核数创建一个Queue(ADFjobs > Queue > New > Interactive), | ||
**二,使用命令行提交(适合没有图形界面的单个工作站、集群、超算中心)** | **二,使用命令行提交(适合没有图形界面的单个工作站、集群、超算中心)** | ||
行 42: | 行 46: | ||
如果是使用*.run文件提交,运行完毕之后,手工修改logfile为*.logfile,TAPE21改名为*.t21,out改名为*.out。 | 如果是使用*.run文件提交,运行完毕之后,手工修改logfile为*.logfile,TAPE21改名为*.t21,out改名为*.out。 | ||
- | **2 集群提交任务,用*.job文件提交:** | + | **2 集群通过PBS或LSF脚本提交任务,提交*.job或者*.run均可:** |
**0)**首先,在本地Windows服务器,运行一下该任务,运行几秒之后即可kill该任务,从而产生job文件。 | **0)**首先,在本地Windows服务器,运行一下该任务,运行几秒之后即可kill该任务,从而产生job文件。 | ||
行 72: | 行 76: | ||
PBS或LSF脚本内容: | PBS或LSF脚本内容: | ||
- | 需要将ADF的环境变量写入脚本,如下是一个LSDF脚本范例(最后两行是关于ADF软件及运行的): | + | 需要将ADF的环境变量写入脚本,如下是一个LSF脚本范例(最后两行是关于ADF软件及运行的): |
#!/bin/sh | #!/bin/sh | ||
行 82: | 行 86: | ||
/ | / | ||
- | PBS脚本也是类似的,只需要在标准脚本的基础上,写入最后两行相关的内容即可。 | + | **PBS脚本也是类似的,只需要在标准脚本的基础上,写入最后两行相关的内容即可。**以下为PBS脚本的例子: |
+ | |||
+ | # | ||
+ | #PBS -N cc | ||
+ | #PBS -l nodes=1: | ||
+ | #PBS -q long | ||
+ | #PBS -j oe | ||
+ | #PBS -l walltime=168: | ||
+ | NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` | ||
+ | cd $PBS_O_WORKDIR | ||
+ | cat $PBS_NODEFILE > machinefile | ||
+ | source / | ||
+ | / | ||
- | 通过*.job这种方式提交任务,则不需要手动修改logfile、TAPE21、out。事实上在Linux工作站上也可以这样提交,但工作站一般不会安装PBS或者LSF,因此只需要上传*.job和*.pid,并按第2)、3)步修改之后,直接通过./ | + | 通过*.job这种方式提交任务,则不需要手动修改logfile、TAPE21、out。事实上在Linux工作站上也可以这样提交,但工作站一般不会安装PBS或者LSF,因此只需要上传*.job,并按第2)、3)步修改之后,直接通过./ |
对于片段分析这样的多job文件任务,最后一行写入的应该是主job文件的文件名。主job文件会在运行的过程中自动调用各个片段计算的job文件。 | 对于片段分析这样的多job文件任务,最后一行写入的应该是主job文件的文件名。主job文件会在运行的过程中自动调用各个片段计算的job文件。 | ||
**如果运行有问题,可以咨询support@fermitech.com.cn。** | **如果运行有问题,可以咨询support@fermitech.com.cn。** |