adf:三维周期性体系的能量分解peda

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--- adf:三维周期性体系的能量分解peda [2016/03/24 15:57] – [第二步：设置参数] liu.jun
+++ adf:三维周期性体系的能量分解peda [2016/05/10 23:40] – [第二步：设置参数] liu.jun
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-======三维周期性体系的能量分解pEDA======
+======如何进行三维周期性体系的能量分解pEDA======
 ADF2016以后的版本，支持周期性体系的能量分解。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H<sub>2</sub>例。
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 =====第一步：建模=====
-在[[|http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php美国矿物晶体在线数据库]]可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。
+在免费、开放的[[http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php|美国矿物晶体在线数据库]]可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。
 创建孔洞结构的过程，参考[[adf:创建孔洞结构|]]。
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 设置参数如下：
-泛函、基组的选择，可以参考[[adf:不同泛函的选择|]]、[[adf:一般情况下_如何选择基组basis_set|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]
+泛函、基组的选择，可以参考[[adf:functional|]]、[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]
 {{:adf:3d-peda11.png|}}
-**为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:如何创建分区|]]**
+**为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:creatregion|]]**
 {{:adf:3d-peda12.png|}}
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 {{:adf:3d-peda13.png|}}
-**对于pEDA而言，只需要关心Gamma点就可以了**，所以k点设置如下（或者K-Space选择Gamma Only也可以。实际上默认情况下，pEDA也会自动取gamma点，而不读取非1 1 1的k点设置）：
+**对于pEDA而言，只需要关心Gamma点就可以了**，所以k点设置如下（或者K-Space选择Gamma Only也可以）：
 {{:adf:3d-peda15.png|}}
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 ======第三步：运行任务======
-提交任务的方式，参考[[adf:并行数的设置|]]
+提交任务的方式，参考[[adf:parallel|]]
 ======第四步：结果查看======

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