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adf:三维周期性体系的能量分解peda

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adf:三维周期性体系的能量分解peda [2016/03/24 13:22] – [第四步：结果查看] liu.junadf:三维周期性体系的能量分解peda [2016/05/10 23:40] – [第二步：设置参数] liu.jun
行 1: 行 1:
-======三维周期性体系的能量分解pEDA======+======如何进行三维周期性体系的能量分解pEDA======
  
 ADF2016以后的版本，支持周期性体系的能量分解。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H<sub>2</sub>例。 ADF2016以后的版本，支持周期性体系的能量分解。以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H<sub>2</sub>例。
行 5: 行 5:
 =====第一步：建模===== =====第一步：建模=====
  
-在[[|http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php美国矿物晶体在线数据库]]可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。+在免费、开放的[[http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php|美国矿物晶体在线数据库]]可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件，下载*.cif格式的结构文件。
  
 创建孔洞结构的过程，参考[[adf:创建孔洞结构|]]。 创建孔洞结构的过程，参考[[adf:创建孔洞结构|]]。
行 19: 行 19:
 设置参数如下： 设置参数如下：
  
-泛函、基组的选择，可以参考[[adf:不同泛函的选择|]]、[[adf:一般情况下_如何选择基组basis_set|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]+泛函、基组的选择，可以参考[[adf:functional|]]、[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]
  
 {{:adf:3d-peda11.png|}} {{:adf:3d-peda11.png|}}
  
-**为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:如何创建分区|]]**+**为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:creatregion|]]**
  
 {{:adf:3d-peda12.png|}} {{:adf:3d-peda12.png|}}
行 29: 行 29:
 {{:adf:3d-peda13.png|}} {{:adf:3d-peda13.png|}}
  
-**对于pEDA而言，只需要关心Gamma点就可以了**，所以k点设置如下（或者K-Space选择Gamma Only也可以。实际上默认情况下，pEDA也会自动取gamma点，而不读取非1 1 1的k点设置）：+**对于pEDA而言，只需要关心Gamma点就可以了**，所以k点设置如下（或者K-Space选择Gamma Only也可以）：
  
 {{:adf:3d-peda15.png|}} {{:adf:3d-peda15.png|}}
行 35: 行 35:
 {{:adf:3d-peda14.png|}} {{:adf:3d-peda14.png|}}
  
 +设置完成后，File > Save As，保存任务。
 ======第三步：运行任务====== ======第三步：运行任务======
  
-提交任务的方式，参考[[adf:并行数的设置|]]+提交任务的方式，参考[[adf:parallel|]]
  
 ======第四步：结果查看====== ======第四步：结果查看======
行 43: 行 44:
 查看结果文件，参考[[adf:结果文件查看|]]。 查看结果文件，参考[[adf:结果文件查看|]]。
  
-打开*.out文件，点击Properties > PEDA即可看到能量分解的情况。PEDA的分解方式和分子中的分解方式很类似，分子的能量分解物理意义，可以参考[[adf:文献重现_adenine_thymine碱基对的氢键分析|]]： +打开*.out文件，点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。各项能量的含义，请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。
- +
-△E<sub>int</sub> =△E<sub>elstat</sub> +△E<sub>Pauli</sub>+△E<sub>oi</sub>（+△E<sub>disp</sub>）。 +
- +
- +
-其中: +
- +
-  * △E<sub>int</sub>表示总的结合能（对应*.out文件中的E_int） +
-  * △E<sub>elstat</sub>表示总的结合能中，静电部分贡献（对应*.out文件中的E_elstat） +
-  * △E<sub>Pauli</sub>表示总的结合能中，Pauli排斥的贡献（对应*.out文件中的E_Pauli） +
-  * △E<sub>oi</sub>表示总的结合能中，轨道相互作用的贡献（对应*.out文件中的E_orb） +
-  *** △E<sub>disp</sub>表示色散能，如果没有使用色散修正泛函的话，这一项不存在。** +
- +
-上面E_orb，细分为T_orb、Elst_orb、XC_orb，也就是轨道相互作用，对动能T、静电作用能Elst、交换相关能的贡献； +
- +
-与轨道无关的部分有两种成分：E_elstat、E_Pauli是与轨道相互作用无关的部分。注意静电作用能既包括与轨道作用有关的部分，也包括与轨道作用无关的部分； +
- +
-与轨道无关的部分也可以按另一种方式拆分：T^0、Elst^0、XC^0，即动能、静电作用能、交换相关能。注意交换相关能中也是既包括与轨道作用有关的部分，也包括与轨道作用无关的部分；+

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